| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,634,934 | 0 | C | A | 5.2% | 1042.6 / 21.8 | 269 | intergenic (‑92/+662) | essQ/cspB | Qin prophage; putative S lysis protein/Qin prophage; cold shock protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/154); new base A (3/11); total (104/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
ATTACCCGCCGATGTGCCATAGGCAACACCTGTTGTTAACTTATCCATTGATTTCATATCCTCACCCCGATGTACACGGATGGTGCAATATGTTTGAAAAGATCGGAGTCTACGGGGTAGTTTTGACAGCACACGTTGTTCTCAACGGCGCTAAAAAAACATACACATTAAAAATGTGGGTAATTATTTTGAAAGAAAGTCATATATAAAATAATAATACGAGAAATGTTTTCATATTTAGTGTACTGTATACGGCCATTTATACAGGAAAAGCCTATGTCAGAACGTAAAAACTCA > CP009273/1634786‑1635082 | aTTACCCGCCGATGTGCCATAGGCAACACCTGTTGTTAACTTATCCATTGATTTCATATCCTCACCCCGATGTACACGGATGGTGCAATATGTTTGAAAAGATCGGAGTCTACGGGGTAGTTTTGACAGCACACGTTGTTCTCAACGgcg > 2:3139792/1‑150 (MQ=255) tACCCGCCGATGTGCCATAGGCAACACCTGTTGTTAACTTATCCATTGATTTCATATCCTCACCCCGATGTACACGGATGGTGCAATATGTTTGAAAAGATCGGAGTCTACGGGGTAGTTTTGACAGCACACGTTGTTCTCAACGGCGCt < 1:783264/150‑1 (MQ=255) tACCCGCCGATGTGCCATAGGCAACACCTGTTGTTAACTTATCCATTGATTTCATATCCTCACCCCGATGTACACGGATGGTGCAATATGTTTGAAAAGATCGGAGTCTACGGGGTAGTTTTGACAGCACACGTTGTTCTCAACGGCGCt < 2:1789504/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |