| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,718,636 | G→T | 22.5% | L93I (CTT→ATT) | sodC ← | superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,718,636 | 0 | G | T | 22.5% | 772.0 / 159.3 | 285 | L93I (CTT→ATT) | sodC | superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/113); new base T (21/43); total (128/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
TTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGT > CP009273/1718487‑1718783 | tttGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAg > 1:3599429/1‑150 (MQ=255) tGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGAt < 2:4031681/150‑1 (MQ=255) gTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAATATg > 2:1671506/1‑150 (MQ=255) 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cAATATGCCCGCCTGCGGAGTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAg < 2:1152468/150‑1 (MQ=255) aaGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGt < 2:1415868/150‑1 (MQ=255) | TTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGT > CP009273/1718487‑1718783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |