Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,763,457 | A→T | 9.0% | T43S (ACG→TCG) | ydiK → | UPF0118 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,763,457 | 0 | A | T | 9.0% | 726.1 / 47.4 | 228 | T43S (ACG→TCG) | ydiK | UPF0118 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (101/106); new base T (9/12); total (110/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
CACAAAAAAGGTGAAAAGTAGTTATGGTAAATGTTCGTCAGCCCAGGGATGTCGCACAAATTCTGCTTTCGGTGCTGTTTTTAGCCATCATGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGTTTGGCCGCCGCTCTCTCGCCGTTCTGGTGATGACGCTGTTATTAGTGATGGTGTTTATCATCCCTATTGCTTTGCTGGTTAACAGTATCGTCGACGGC > CP009273/1763308‑1763606 | aaaaaGGTGAAAAGTAGTTATGGTAAATGTTCGTCAGCCCAGGGATGTCGCACAAATTCTGCTTTCGGTGCTGTTTTTAGACATCATGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTTCggt > 2:3992259/1‑150 (MQ=255) aaaGGTGAAAAGTAGTTATGGTAAATGTTCGTCAGCCCAGGGATGTCGCACAAATTCTGCTTTCGGTGCTGTTTTTAGCCATCATGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACggtgg > 2:2940848/1‑150 (MQ=255) ggTGAAAAGTAGTTATGGTAAATGTTCGTCAGCCCAGGGATGTCGCACAAATTCTGCTTTCGGTGCTGTTTTTAGCCATCATGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTa > 1:762523/1‑150 (MQ=255) 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ggTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGTTTGGCCGCCGCTCTCTCGCCGTTCTGGTGATGACGCTGTTATTAGTGATGGTGTTTATCATCCCTATTGCTTTGCTGGTTAACAGTATCGTCGAc > 2:3451456/1‑150 (MQ=255) ggTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGTTTGGCCGCCGCTCTCTCGCCGTTCTGGTGATGACGCTGTTATTAGTGATGGTGTTTATCATCCCTATTGCTTTGCTGGTTAACAGTATCGTCGAc > 2:3451643/1‑150 (MQ=255) | CACAAAAAAGGTGAAAAGTAGTTATGGTAAATGTTCGTCAGCCCAGGGATGTCGCACAAATTCTGCTTTCGGTGCTGTTTTTAGCCATCATGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGTTTGGCCGCCGCTCTCTCGCCGTTCTGGTGATGACGCTGTTATTAGTGATGGTGTTTATCATCCCTATTGCTTTGCTGGTTAACAGTATCGTCGACGGC > CP009273/1763308‑1763606 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |