Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,774,858 | C→T | 12.7% | Y67Y (TAC→TAT) | ydiR → | putative electron transfer flavoprotein, FAD‑binding subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,774,858 | 0 | C | T | 12.7% | 891.2 / 89.5 | 290 | Y67Y (TAC→TAT) | ydiR | putative electron transfer flavoprotein, FAD‑binding subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (129/124); new base T (19/18); total (148/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
GCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATGCGGCGCTGGTGAACGATGCCACGGCGGTGGATATTGTCG > CP009273/1774709‑1775006 | gAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGcc < 1:3810448/150‑1 (MQ=255) aaCTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCg > 1:1442110/1‑150 (MQ=255) aaCTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCg > 1:2362552/1‑150 (MQ=255) ggcggcGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCAtt < 1:3184502/150‑1 (MQ=255) gcggcgCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATtg < 2:3736725/150‑1 (MQ=255) cggcgCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATtgc < 1:4188759/150‑1 (MQ=255) ggcgCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATtgct < 1:2229220/150‑1 (MQ=255) tCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCct < 1:904511/150‑1 (MQ=255) 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aaTACCGACCCGGCGCAGGCTGTTAGGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCGGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGcc < 1:3146035/150‑1 (MQ=255) aTACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCcg < 2:3931425/150‑1 (MQ=255) aTACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCcg < 1:3575920/150‑1 (MQ=255) tACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAATATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCcgc > 2:2540022/1‑150 (MQ=255) gACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGcgacg > 1:2754430/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |