Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,819,917 | C→T | 18.9% | intergenic (‑35/+295) | spy ← / ← astE | periplasmic ATP‑independent protein refolding chaperone, stress‑induced/succinylglutamate desuccinylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,819,917 | 0 | C | T | 18.9% | 691.1 / 135.0 | 271 | intergenic (‑35/+295) | spy/astE | periplasmic ATP‑independent protein refolding chaperone, stress‑induced/succinylglutamate desuccinylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (98/120); new base T (22/29); total (120/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
CATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGTGGTGTCTGCGGCATGGGCCAGGTTAGCCGCGCCAAGAGCCAGGGTAGAGGCAACAAACAGTGCAGTTAATTTACGCATATTCTATATCCTTCCTTTCAGTTATTTATTACGGCTTTCTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGCGCCAATTATGGAGAAAAAAAGAAAATTTGATGGAGAGTGATGAGAG > CP009273/1819769‑1820066 | catcatCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGTGGTGTCTGCGGCATGGGCCAGGTTAGCCGCGCCAAGAGCCAGGGTAGAGGCAACAAACAGTGCAGTTAATTTACGCATATTCTATATCCTTCCTTTCAGTTATTTATTACGGCt < 2:4640151/150‑1 (MQ=255) catcGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGTGGTGTCTGCGGCATGGGCCAGGTTAGCCGCGCCAAGAGCCAGGGTAGAGGCAACAAACAGTGCAGTTAATTTACGCATATTCTATATCCTTCCTTTCAGTTATTTATTACGGCTTTc < 1:3877914/150‑1 (MQ=255) cGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGTGGTGTCTGCGGCATGGGCCAGGTTAGCCGCGCCAAGAGCCAGGGTAGAGGCAACAAACAGTGCAGTTAATTTACGCATATTCTATATCCTTCCTTTCAGTTATTTATTACGGTTTTCTTa > 2:4278421/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |