| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,957,975 | C→A | 13.7% | A445S (GCT→TCT) | flhA ← | putative flagellar export pore protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,957,975 | 0 | C | A | 13.7% | 818.9 / 72.1 | 240 | A445S (GCT→TCT) | flhA | putative flagellar export pore protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/92); new base A (18/15); total (133/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TGGTTAAGATGCGTTGCTACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTTCATCAAAATGCGATAGCGGGCAGGTTGCAGATCCATATTGTCGCGAATGTGCACCACTGGCGGCAGAAATCCCATCTCCTGGG > CP009273/1957827‑1958124 | gtTAAGATGCGTTGCTACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGt < 2:1656975/150‑1 (MQ=255) tAAGATGCGTTGCTACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTc > 1:2172671/1‑150 (MQ=255) tAAGATGCGTTGCTACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTc > 2:2585193/1‑150 (MQ=255) aaGATGCGTTGCTACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTcc > 2:3248939/1‑150 (MQ=255) aGATGCGTTGCTACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCa > 2:2918296/1‑150 (MQ=255) aTGCGTTGCTACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAgg < 2:4063053/150‑1 (MQ=255) gTTGCTACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTa > 2:447790/1‑150 (MQ=255) gTTGCTACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTa > 2:4399478/1‑150 (MQ=255) gTTGCTACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTa > 2:2558133/1‑150 (MQ=255) gTTGCTACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGAGGTTCCAGGGTTa > 1:3720786/1‑150 (MQ=255) tACCACCGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATAgc > 1:118957/1‑150 (MQ=255) ccaccGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCAATCAGGCAAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCgcca > 1:3522380/1‑150 (MQ=255) accGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCgccagc > 1:1835933/1‑150 (MQ=255) cGTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGAGGTTCCAGGGTTAATCgccagcca > 2:319873/1‑150 (MQ=255) gTGCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGAGGTTCCAGGGTTAATCGccagccag < 1:3092366/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAgcg > 1:4118489/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAgcg > 1:4118592/1‑150 (MQ=255) cTGGCCTCAACCACTGTGTACCCCTGAATCTGCGCCTGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAgcgc < 2:3453191/150‑1 (MQ=255) 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tGTTCTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCt < 2:1539791/150‑1 (MQ=255) cTTTTAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTtca > 2:3616299/1‑150 (MQ=255) ttAGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTtcatca > 1:4169323/1‑150 (MQ=255) tgaGCGCACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTtcatca < 1:2739418/148‑1 (MQ=255) cgcACTTTCAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTTCATCAAAAt < 1:4624630/150‑1 (MQ=255) 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cAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCTGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACTCCTTTCATCAAAATGCGATAGc < 1:2437641/150‑1 (MQ=255) cAATCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTTCATCAAAATGCGATAGc > 1:1017571/1‑150 (MQ=255) aaTCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTTCATCAAAATGCGATAGCg > 2:1767993/1‑150 (MQ=255) aaTCCAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTTCATCAAAATGCGATAGCg > 1:3605285/1‑150 (MQ=255) ccAGATAGCATTCAGGCCAAATGCCGGATCGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTTCATCAAAATGCGATAGCGGGc < 1:3949161/150‑1 (MQ=255) 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cGACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTTCATCAAAATGCGATAGCGGGCAGGTTGCAGATCCATATTGTCGCGAAtgt < 1:1510169/150‑1 (MQ=255) gACGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTTCATCAAAATGCGATAGCGGGCAGGTTGCAGATCCATATTGTCGCGAAtgtg > 1:226313/1‑150 (MQ=255) cGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTTCATCAAAATGCGATAGCGGGCAGGTTGCAGATCCATATTGTCGCGAATGTGca < 2:1273286/150‑1 (MQ=255) cGGTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTTCATCAAAATGCGATAGCGGGCAGGTTGCAGATCCATATTGTCGCGAATGTGca > 2:3392353/1‑150 (MQ=255) ggTCGCCTCACCAGGTAACGTCCCGGCAGCGGTTCCAGGGTTAATCGCCAGCCAGCGCCCCGGATAAGCATCACCACTGCCAATCTCCACGCCTTTCATCAAAATGCGATAGCGGGCAGGTTGCAGATCCATATTGTCGCGAATGTGcac > 1:2209965/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |