| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,990,489 | C→T | 7.9% | intergenic (‑176/+54) | sdiA ← / ← yecC | quorum‑sensing transcriptional activator/putative ABC superfamily transporter ATP‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,990,489 | 0 | C | T | 7.9% | 737.6 / 34.3 | 215 | intergenic (‑176/+54) | sdiA/yecC | quorum‑sensing transcriptional activator/putative ABC superfamily transporter ATP‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (91/107); new base T (14/3); total (105/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
AGTATCATTTATAATGATAATTCAAACTATCACATAAATAAGATTTATATATAATTTATATTATTCAGGCAATGAATTACTTTTGCAAGCCATCGCATTCTCTTATGTTATTAATGAGTTATGCTGATTTGTTAAGCAGTTTTATCAGGCTTGAAATGGCGTCCAGCCCCGACAGGTGAATCGTCGGGGCTGATTTTTTCTTATTATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGCCC > CP009273/1990340‑1990638 | agtATCATTTATAATGATAATTCAAACTATCACATAAATAAGATTTATATATAATTTATATTATTCAGGCAATGAATTACTTTTGCAAGCCATCGCATTCTCTTATGTTATTAATGAGTTATGCTGATTTGTTAAGCAGTTTTATCAGGc < 1:670997/150‑1 (MQ=255) tttATAATGATAATTCAAACTATCACATAAATAAGATTTATATATAATTTATATTATTCAGGCAATGAATTACTTTTGCAAGCCATCGCATTCTCTTATGTTATTAATGAGTTATGCTGATTTGTTAAGCAGTTTTATCAGGCTTGAAAt > 1:3210088/1‑150 (MQ=255) ttATAATGATAATTCAAACTATCACATAAATAAGATTTATATATAATTTATATTATTCAGGCAATGAATTACTTTTGCAAGCCATCGCATTCTCTTATGTTATTAATGAGTTATGCTGATTTGTTAAGCAGTTTTATCAGGTTTGAAATg > 2:4416602/1‑150 (MQ=255) 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attCAGGCAATGAATTACTTTTGCAAGCCATCGCATTCTCTTATGTTATTAATGAGTTATGCTGATTTGTTAAGCAGTTTTATCAGGCTTGAAATGGCGTCCAGCCCCGACAGGTGAATCGTCGGGGCTGATTTTTTCTTATTATTgcag > 2:1830852/1‑150 (MQ=255) attCAGGCAATGAATTAATTATGCAATCCATAGAATTCTCTTAGGATATTAATGAGTAATACTGATTTGTTAAGAACTTTTAACAGGCATGAAATGGCGTCCAGCCCCAACAGTAGAATCGTCGGGGCTGATTTTATCTGATTATTgaag > 2:4001493/1‑150 (MQ=255) cAGGCAATGAATTACTTTTGCAAGCCATCGCATTCTCTTATGTTATTAATGAGTTATGCTGATTTGTTAAGCAGTTTTATCAGGCTTGAAATGGCGTCCAGCCCCGACAGGTGAATCGTCGGGGCTGATTTTTTCTTATTATTGcagcag > 2:3173955/1‑150 (MQ=255) aGGCAATGAATTACTTTTGCAAGCCATCGCATTCTCTTATGTTATTAATGAGTTATGCTGATTTGTTAAGCAGTTTTATCAGGCTTGAAATGGCGTCCAGCCCCGACAGGTGAATCGTCGGGGCTGATTTTTTCTTATTATTGCAGCAGa < 1:3450896/150‑1 (MQ=255) ggCAATGAATTACTTTTGCAAGCCATCGCATTCTCTTATGTTATTAATGAGTTATGCTGATTTGTTAAGCAGTTTTATCAGGCTTGAAATGGCGTCCAGCCCCGACAGGTGAATCGTCGGGGCTGATTTTTTCTTATTATTGCAGCAGaa > 2:3762823/1‑150 (MQ=255) 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aGGCTTGAAATGGCGTCCAGCCCCGACAGGTGAATCGTCGGGGCTGATTTTTTCTTATTATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCg < 1:1001902/150‑1 (MQ=255) cTTGAAATGGCGTCCAGCCCCGACAGGTGAATCGTCGGGGCTGATTTTTTCTTATTATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGccc > 1:3251191/1‑150 (MQ=255) | AGTATCATTTATAATGATAATTCAAACTATCACATAAATAAGATTTATATATAATTTATATTATTCAGGCAATGAATTACTTTTGCAAGCCATCGCATTCTCTTATGTTATTAATGAGTTATGCTGATTTGTTAAGCAGTTTTATCAGGCTTGAAATGGCGTCCAGCCCCGACAGGTGAATCGTCGGGGCTGATTTTTTCTTATTATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGCCC > CP009273/1990340‑1990638 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |