| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,000,765 | G→T | 34.9% | D377Y (GAT→TAT) | amyA → | cytoplasmic alpha‑amylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,000,765 | 0 | G | T | 34.9% | 576.9 / inf | 335 | D377Y (GAT→TAT) | amyA | cytoplasmic alpha‑amylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/129); new base T (57/60); total (146/189) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
TCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCGCAGTGGC > CP009273/2000616‑2000914 | tCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAg < 2:2824288/150‑1 (MQ=255) ttGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATg < 1:1205736/150‑1 (MQ=255) tGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGt < 2:1100438/150‑1 (MQ=255) 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gTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCt < 1:4508561/150‑1 (MQ=255) tGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCtt < 1:2869403/150‑1 (MQ=255) gcgcATTACGTAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCAGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCttt < 1:3905495/150‑1 (MQ=255) gcgcATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCttt < 1:714806/150‑1 (MQ=255) cgcATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTa < 2:3360662/150‑1 (MQ=255) gcATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAg > 1:4421902/1‑150 (MQ=255) cATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGc < 1:179587/150‑1 (MQ=255) cATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGc < 1:1499245/150‑1 (MQ=255) aTTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGcc > 2:4074858/1‑150 (MQ=255) aTTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAAGTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGcc < 1:3168981/150‑1 (MQ=255) ttACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCg < 1:540674/150‑1 (MQ=255) gATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCGCAGTGGc < 2:2378701/150‑1 (MQ=255) | TCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCGCAGTGGC > CP009273/2000616‑2000914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |