Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,036,546 | C→A | 27.4% | intergenic (+167/+403) | yodB → / ← serU | cytochrome b561 homolog/tRNA‑Ser |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,036,546 | 0 | C | A | 27.4% | 561.4 / 183.3 | 256 | intergenic (+167/+403) | yodB/serU | cytochrome b561 homolog/tRNA‑Ser |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/109); new base A (30/40); total (107/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.41e-01 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GAAATGTGAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCAACTT > CP009273/2036397‑2036695 | gAAATGTGAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAAc < 1:2031700/150‑1 (MQ=255) gtgAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAAACtttt < 1:4166093/150‑1 (MQ=255) aaCCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTa < 1:819404/150‑1 (MQ=255) aCCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTAc < 1:4326226/150‑1 (MQ=255) aCCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTAc < 2:2944385/150‑1 (MQ=255) cATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAAACTTTTTTACtt > 1:1456474/1‑150 (MQ=255) tGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGt > 1:2062647/1‑150 (MQ=255) ggACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGtt < 1:3672212/150‑1 (MQ=255) 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aaTACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCaa > 1:3563286/1‑150 (MQ=255) aTACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAat > 2:2647499/1‑150 (MQ=255) aTACAGGTTAATTTTGGTATTTAAAACTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAat < 1:3319951/150‑1 (MQ=255) aCAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAatta < 2:3963736/150‑1 (MQ=255) aCAGGTTAATTTTGGTATTTAAAACTTTTTTACTTGTTAGTGTGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAatta > 2:2031016/1‑150 (MQ=255) ggTTAATTTTGGTATTTAAAACTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTg < 2:2416791/150‑1 (MQ=255) aaTTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAAcc > 2:4224348/1‑150 (MQ=255) tGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTtct > 1:3487829/1‑150 (MQ=255) gTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTctct < 2:2062669/150‑1 (MQ=255) tAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCa > 2:1769577/1‑150 (MQ=255) aaaCCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCaa > 2:1313039/1‑150 (MQ=255) ccTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCAACtt > 2:3073783/1‑150 (MQ=255) | GAAATGTGAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTTCCACTATCAACAAGGAGGAGCAGAAACTGTGTAAATCGTACAATGGTAAGACTTATCAAAAATACAGGTTAATTTTGGTATTTAAACCTTTTTTACTTGTTAGTATGATACAAAGGCTTTCAAAAAAGCTGCGAAATTCAACAACTCTTGGAAATTATGGACTTTGTCCCGCGGCTTTAATCTGACGGCCGCGTTCCTTTTTTGACTCAATTATTGAACCCTTCTCTACGCAACTT > CP009273/2036397‑2036695 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |