Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 146,343 | G→T | 15.8% | T366T (ACC→ACA) | yadC ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 146,343 | 0 | G | T | 15.8% | 825.1 / 91.6 | 258 | T366T (ACC→ACA) | yadC | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (102/115); new base T (22/19); total (124/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
CTACGTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGCCAACGCCTTTGGCGGCAGTGCTTCCAGTAAGCGTATTACCAAGC > CP009273/146194‑146490 | gTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGgtgt > 2:2110282/1‑150 (MQ=255) aTCAGGGATAGTTTACCTGGTAAGTACTGGTGGCTTTTATTTCGCCGGGTTGGTTAGCAATTTTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGATGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTctt < 1:2682708/150‑3 (MQ=255) aTCAGGCATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCAt > 1:1457109/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |