| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,070,265 | A→T | 31.5% | intergenic (+30/‑33) | yeeS → / → yeeT | CP4‑44 prophage; putative DNA repair protein/CP4‑44 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,070,265 | 0 | A | T | 31.5% | 410.1 / 273.8 | 270 | intergenic (+30/‑33) | yeeS/yeeT | CP4‑44 prophage; putative DNA repair protein/CP4‑44 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (84/101); new base T (42/43); total (126/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTGAAGCGTAT > CP009273/2070116‑2070411 | ggCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACttt > 1:2495470/1‑150 (MQ=255) tATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTAtc > 2:3981808/1‑150 (MQ=255) aTCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCTCTTTTAtct > 1:4028526/1‑150 (MQ=255) tCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCTCTTTTAtctt > 2:4632197/1‑150 (MQ=255) tCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTAtctt < 1:1251555/150‑1 (MQ=255) tCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTAtctt > 1:3992668/1‑150 (MQ=255) cACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTAtcttc < 2:2446007/150‑1 (MQ=255) ccGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTg < 2:3827035/150‑1 (MQ=255) gAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCTCTTTTATCTTCTGTc < 2:3058519/150‑1 (MQ=255) gAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCTCTTTTATCTTCTGTc < 2:3058082/150‑1 (MQ=255) cGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTc > 2:1750154/1‑150 (MQ=255) tCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCTCTTTTATCTTCTGTCTTCag < 1:4493122/150‑1 (MQ=255) cTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCTCTTTTATCTTCTGTCTTCaga > 2:1192468/1‑150 (MQ=255) cTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCTCTTTTATCTTCTGTCTTCaga > 1:2865456/1‑150 (MQ=255) cTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCaga < 1:4532397/150‑1 (MQ=255) ggTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCNGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAgg < 1:4279796/150‑1 (MQ=255) aCAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCTCTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTAt < 1:3775278/150‑1 (MQ=255) aGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATcc > 2:4142356/1‑150 (MQ=255) 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tatCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCAcc > 1:4435867/1‑150 (MQ=255) atCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCAccc < 2:1350390/150‑1 (MQ=255) tCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCTCTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTAACCCATTATGAAAATTATCACCCg < 1:1011824/150‑1 (MQ=255) ccGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCgt < 2:3356218/150‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCTCTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCgtg < 1:2198924/150‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCgtg < 2:390190/150‑1 (MQ=255) gggTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCgtgg < 2:2645733/150‑1 (MQ=255) ggTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCgtggt < 2:4333097/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCTCTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCgtggtg < 2:3693179/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCgtggtg < 1:1842975/150‑1 (MQ=255) 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caTCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAg > 1:782046/1‑150 (MQ=255) cacCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTg > 1:3904957/1‑150 (MQ=255) agcTGTTTTCTCTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTGa < 2:927184/148‑1 (MQ=255) cTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTGAAg > 1:3647752/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTGAAg > 1:2555881/1‑150 (MQ=255) tGTTTTCTCTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTGAAGc > 2:1235698/1‑150 (MQ=255) gTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTGAAGCg > 2:1472606/1‑150 (MQ=255) ttttCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTTTCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTTAAGCGt < 1:2275005/150‑1 (MQ=255) ttttCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTGAAGCGt < 1:3068945/150‑1 (MQ=255) tttCTCTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTGAAGCGta > 2:4104920/1‑150 (MQ=255) ttCTCTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTGAAGCGtat > 1:2045701/1‑150 (MQ=255) ttCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTGAAGCGtat < 1:876610/150‑1 (MQ=255) | GACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTTTCTCCTTTGCCGAACATGGTCTGCTTTAACCCTTCACAACCACATCACACCTGTTTTCACTTTTATCTTCTGTCTTCAGAGGTATCCCATTATGAAAATTATCACCCGTGGTGAAGCCATGCGTATTCACCAACAACATCCGACATCCCGTCTTTTTCCGTTCTGTACCGGTAAATACCGCTGGCACGGCAGTGCTGAAGCGTAT > CP009273/2070116‑2070411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |