| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,096,801 | 0 | C | T | 7.4% | 890.8 / 38.8 | 256 | pseudogene (70/446 nt) | wbbL | lipopolysaccharide biosynthesis protein, N‑ter fragment (pseudogene) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (112/125); new base T (5/14); total (117/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.55e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TACATACGCCACCGCAATATTATTATTATGACCAAAGCCGTATACACCTCCACTAATATAGTCCAGGCCTGCATAATGCTGGCATATTTGTTTCAATAATAGAGAGTCTTTGTTGTCGCGTACGATAATCTTGTAGTGCTCATCGTCAGCATTAAGATTTTCGAGTAATTTTTTGATGTAGTCTTCATGTCCGTGGGAAACGATTATTATATATACCATTTCAATGTTCTTCAGTAATAAAATTAACTAGTTCATCAAACCCAACTAATACATTTTCATTACGATAAATGAAATTTGCA > CP009273/2096652‑2096950 | cATACGCCACCGCAATATTATTATTATGACCAAAGCCGTATACACCTCCACTAATATAGTCCAGGCCTGCATAATGCTGGCATATTTGTTTCAATAATAGAGAGTCTTTGTTGTCGCGTACGATAATCTTGTAGTGCTCATCGTCAGCAt > 2:116106/1‑150 (MQ=255) cATACGCCACCGCAATATTATTATTATGACCAAAGCCGTATACACCTCCACTAATATAGTCCAGGCCTGCATAATGCTGGCATATTTGTTTCAATAATAGAGAGTCTTTGTTGTCGCGTACGATAATCTTGTAGTGCTCATCGTCAGCAt < 2:4224035/150‑1 (MQ=255) tACGCCACCGCAATATTATTATTATGACCAAAGCCGTATACACCTCCACTAATATAGTCCAGGCCTGCATAATGCTGGCATATTTGTTTCAATAATAGAGAGTCTTTGTTGTCGCGTACGATAATCTTGTAGTGCTCATCGTCAGCATTa < 2:859638/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |