Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,130,777 | T→A | 14.5% | intergenic (‑53/‑606) | wza ← / → yegH | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein/inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,130,777 | 0 | T | A | 14.5% | 746.5 / 104.1 | 256 | intergenic (‑53/‑606) | wza/yegH | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein/inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (114/105); new base A (21/16); total (135/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTT > CP009273/2130628‑2130924 | ccATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAAt > 2:4601924/1‑150 (MQ=255) cgtcgACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTTACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAATGTCg > 2:1968369/1‑150 (MQ=255) gtcgACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTAGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAATGTCGc > 1:2765591/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |