| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,155,768 | T→C | 15.5% | I275T (ATT→ACT) | mdtD → | putative arabinose efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,155,768 | 0 | T | C | 15.5% | 630.0 / 105.4 | 245 | I275T (ATT→ACT) | mdtD | putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (101/106); new base C (24/14); total (125/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
ACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTT > CP009273/2155620‑2155916 | aCGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTAtt > 1:2888663/1‑150 (MQ=255)aCGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTAtt > 1:1301563/1‑150 (MQ=255) gATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTgg < 2:3822822/150‑1 (MQ=255) 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ggCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATg < 2:1765457/150‑1 (MQ=255) cGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGac < 1:3941209/150‑1 (MQ=255) tggtggCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGacac < 1:1821469/150‑1 (MQ=255) cACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGttt < 1:3690331/150‑1 (MQ=255) aCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTACTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGtttt < 2:3689319/150‑1 (MQ=255) 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aTCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTg < 1:2614953/150‑1 (MQ=255) aTCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTACTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTg < 1:3491529/150‑1 (MQ=255) gctgcACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCt < 2:1904238/150‑1 (MQ=255) gctgcACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCt < 2:4032458/150‑1 (MQ=255) tgcACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCg < 2:4313546/150‑1 (MQ=255) 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tGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATtg < 1:1135740/150‑1 (MQ=255) ggCGGGGAGCTTTGCCGGACGTACTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATtgt > 1:4521472/1‑150 (MQ=255) gCGGGGAGCTTTGCCGGACGTACTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATtgtg < 2:4499114/150‑1 (MQ=255) ggAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTAc > 2:4088470/1‑150 (MQ=255) gAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACa < 1:675808/150‑1 (MQ=255) 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gTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCt < 2:1071858/150‑1 (MQ=255) tATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCtt > 1:2417253/1‑150 (MQ=255) | ACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTT > CP009273/2155620‑2155916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |