Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,178,987 | C→A | 12.8% | intergenic (‑207/+16) | thiM ← / ← rcnR | hydoxyethylthiazole kinase/transcriptional repressor of rcnA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,178,987 | 0 | C | A | 12.8% | 749.6 / 55.7 | 237 | intergenic (‑207/+16) | thiM/rcnR | hydoxyethylthiazole kinase/transcriptional repressor of rcnA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (82/122); new base A (16/17); total (98/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGACCGTTTACCGCGC > CP009273/2178839‑2179136 | tGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAAt < 1:2748150/150‑1 (MQ=255) aTTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATcgcg < 1:3814931/150‑1 (MQ=255) aTTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATcgcg < 2:4216163/150‑1 (MQ=255) tCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATAGCAGAGGAGGATGGTAATGTACAGCGCACGCGGTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTtaa > 2:2069794/1‑150 (MQ=255) tCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGTTGAAAAATAGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAAAGAGGAAAAAAGGCAGTTTTACAAACGCGGtaa > 2:2888835/1‑150 (MQ=255) aGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATAGCAGAGGCGGATGGTAATTTCCAACGCACCCGTTGTAAAAGAGGAAAAAACGCAGTTTTAAAATCGCGTtaataa > 2:1355241/1‑150 (MQ=255) tCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTTCGGTGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATTTACCGCGCACCCGTTGTAAAAGAGGAAAAAACGCAGTTTTTAAAACGCGTTAATAAatt > 1:1735709/1‑150 (MQ=255) tCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAatt < 2:858782/150‑1 (MQ=255) tCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGATGATAAAAAGCAGAGGAGGATGGTAATTTACACCCCCCCCGGTGTAAACCAGGAAAAAACGCAGTTTTTCAAAACCGTTAATAAatt > 1:135068/1‑150 (MQ=255) aGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAattat < 2:1249274/150‑1 (MQ=255) ggTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAattatt < 2:3417646/150‑1 (MQ=255) ggTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTAAAATCGCGTTAATAAattatt < 1:1379214/150‑1 (MQ=255) gATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGCGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGCGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGa < 1:4532708/150‑1 (MQ=255) aTACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGat < 1:3375390/150‑1 (MQ=255) aTACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTCGATGATAAATAGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACCCGTTTTAAAAGAGGAAAAAACGCACTTTTACAAAAGCCGTAATAAATTATTTGat > 2:3948079/1‑150 (MQ=255) aTACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACCCGTTGTAAAACAGGAAAAACCGCAGTTTTAAAAGCGCGGTGATAAAATAATTGat > 2:71115/1‑150 (MQ=255) tACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGata < 2:3561254/150‑1 (MQ=255) cGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGatata < 1:326745/150‑1 (MQ=255) gggTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTCGATGTTAAATAGCAGAGGGGGTTGGTAATGTCCCGCGCACCCGGTGTAAACGAGGTAAAAAGGCAGTTTTTCAAACGCGTTAATAAAATATTTTttatat > 1:716176/1‑150 (MQ=255) gggTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGTTGATAAAAAGCAGAGGTGGGTTGTACTGTGCAGCGCACGCGGTTTTAAAGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAAACGCGTTAAAAAATTATTTGatatat > 1:1445282/1‑150 (MQ=255) ggTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGGTGGGATTATAAATACCAGAGGAGGATGGTTATTTGCCGCGCCCCCGGTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACCAACGCGGTAAGAAAATATTTTagatatt > 1:539227/1‑149 (MQ=255) gTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGa < 1:1861622/150‑1 (MQ=255) gTATTTCTCAGCATTCACGCATAAGGGCACACCGAGTCGTTTGGTTTCGATGATAAATCTCTTAGGAGTTTGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGAAGTTTTACATTCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGa < 1:1345225/150‑1 (MQ=255) aTTTCTCAGCCTTCACGAATATGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGAAGAGGAGTATGTTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGTGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTTATATATGAAt < 1:420001/150‑1 (MQ=255) ttCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCAGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATcc < 2:1439247/150‑1 (MQ=255) cAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCa < 1:3581100/150‑1 (MQ=255) aGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGATGATAAATAGCAGAGGAGGATGGTAAAGTGCAGCGCACGCCTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAAACGCGTTAATAAATTATTTGATATAAGAAAACAGCAc > 2:4401080/1‑150 (MQ=255) gCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTTCGATGATAAATAGCAGAGGAGGATGGTAATTTACCGCGCACGCGTTTTAAAAGAGGAAAAACGGCAGTTTTAAAAACGCGTTAATAAATTATTTGATATTTTAATCCAGCAcc > 2:1477228/1‑150 (MQ=255) gCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGTTAAATCGCAGAGGAGGATGGTTATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAAAGAGGGAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAAATATTTGATATATGTATCCAGCAcc > 2:673681/1‑150 (MQ=255) gCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGAGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCAcc < 2:722809/150‑1 (MQ=255) cTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCtt < 1:4024221/150‑1 (MQ=255) cTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCtt < 1:4502953/150‑1 (MQ=255) cTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAAACGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGGTTTAAACGAGGAAAAAAGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTTATATATTAATCCAGCACCtt > 2:1051235/1‑150 (MQ=255) 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gCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTAAAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAAc < 1:4375854/150‑1 (MQ=255) gCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTAAAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAAc < 1:4603410/150‑1 (MQ=255) aGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGa < 1:349077/150‑1 (MQ=255) gggCACCCCGAGTCGTTTGGTTTGGATGATAAATAGCAGAGGAGGATGGTAAAGTACAGCGCCCGCCGTTTAAACGAGGAAAAAAAGCAGTTTTTAAAAACCGGTAATAAATTATTTGTTATATTAAAACAGCACCATCAGAACGACATc > 1:1719750/1‑150 (MQ=255) ggCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTAAAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATcc < 2:3903732/150‑1 (MQ=255) 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gAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCAt > 1:581810/1‑150 (MQ=255) aaaaaCGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATc < 1:3758665/150‑1 (MQ=255) aaaaCGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCa < 1:3643238/150‑1 (MQ=255) aaaaCGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCa > 1:3955093/1‑150 (MQ=255) aaaCGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAg < 1:849347/150‑1 (MQ=255) aCGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGAc > 1:1099593/1‑150 (MQ=255) cGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCTAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGAcc < 1:948198/150‑1 (MQ=255) ggCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGACCg < 1:1273928/150‑1 (MQ=255) cAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGACCGtt < 2:2638042/150‑1 (MQ=255) tttACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGACCGTTTAcc < 1:2473892/150‑1 (MQ=255) aCAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCGTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGACCGTTTACcgcg < 2:924483/150‑1 (MQ=255) cAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGACCGTTTACCgcgc > 1:1705536/1‑150 (MQ=255) | GCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGACCGTTTACCGCGC > CP009273/2178839‑2179136 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |