| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 159,121 | A→T | 15.4% | E177V (GAA→GTA) | hrpB → | putative ATP‑dependent helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 159,121 | 0 | A | T | 15.4% | 756.0 / 112.7 | 265 | E177V (GAA→GTA) | hrpB | putative ATP‑dependent helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (105/119); new base T (21/20); total (126/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
CAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCGTCGGAGAAATTCAG > CP009273/158975‑159269 | aGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAATCGCCTGTCGTCATCTCAGAAggg > 1:4008375/1‑150 (MQ=255) tGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCt > 2:1770092/1‑150 (MQ=255) aGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGt > 2:1874486/1‑150 (MQ=255) aGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGt > 2:3635787/1‑150 (MQ=255) ggCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGtt < 1:1265973/150‑1 (MQ=255) ggCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGtt < 1:618204/150‑1 (MQ=255) gCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGttt < 1:3486201/150‑1 (MQ=255) gATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCg < 1:2686647/150‑1 (MQ=255) aTTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCgg < 2:1473825/150‑1 (MQ=255) tttGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGt < 1:3938082/150‑1 (MQ=255) tttGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGt < 1:1625135/150‑1 (MQ=255) ttggcgttggcgCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGtt > 2:3771611/1‑150 (MQ=255) ggcgttggcgCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGa < 1:2285078/150‑1 (MQ=255) 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tgtgCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGcc > 1:245184/1‑150 (MQ=255) tgCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGTAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCcg < 1:1079266/150‑1 (MQ=255) acaaGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCa > 2:794489/1‑150 (MQ=255) caaGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCAt < 1:2880769/150‑1 (MQ=255) gTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGc < 1:2026336/150‑1 (MQ=255) 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ccTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGc < 1:3591950/150‑1 (MQ=255) ccTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGc < 2:31405/150‑1 (MQ=255) cTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCg < 1:2738639/150‑1 (MQ=255) cTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCg > 2:2836861/1‑150 (MQ=255) gtcgtcATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCGTc < 1:3452756/150‑1 (MQ=255) gtcgtcATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCGTc < 2:326801/150‑1 (MQ=255) gtcgtcATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCGTc < 2:2713160/150‑1 (MQ=255) gtcgtcATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCGTc > 2:1818757/1‑150 (MQ=255) tcgtcATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCGTCg < 1:1037245/150‑1 (MQ=255) ctcAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCGTCGGAGAAAt > 1:1551310/1‑150 (MQ=255) tcAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCGTCGGAGAAAtt < 1:2568921/150‑1 (MQ=255) gAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCGTCGGAGAAATTCAg < 1:3288782/150‑1 (MQ=255) | CAGCTTGCAGGCGGATTTGGCGTTGGCGCTGTTACTCGATGTGCAACAAGGTCTGCGTGATGACCTTAAACTGCTGATTATGTCGGCTACCCTGGACAACGACCGCTTGCAGCAAATGCTGCCAGAAGCGCCTGTCGTCATCTCAGAAGGGCGCTCGTTTCCGGTTGAACGCCGTTATTTACCGCTGCCCGCGCATCAGCGTTTTGACGATGCCGTTGCGGTAGCCACCGCTGAAATGCTGCGTCAGGAAAGCGGATCATTACTGTTATTTTTACCTGGCGTCGGAGAAATTCAG > CP009273/158975‑159269 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |