Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,233,243 | T→G | 5.2% | K195N (AAA→AAC) | mglB ← | methyl‑galactoside transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,233,243 | 0 | T | G | 5.2% | 990.0 / 40.2 | 319 | K195N (AAA→AAC) | mglB | methyl‑galactoside transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (135/167); new base G (7/10); total (142/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
AGCGCTTCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCTGCATCCGGATGGCCCGGTTCACCTTTCAGCAGTACGAACTGAATCTGACCGTCTTTGTTCAGATCCCAACCCTGATTCGCCGCCCAGTGTTTAGCAAT > CP009273/2233094‑2233392 | ttCAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGAt < 1:2561990/150‑1 (MQ=255) cAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGc > 2:52076/1‑150 (MQ=255) cAACCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGc > 2:4447029/1‑150 (MQ=255) aaCCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGcc < 1:303233/150‑1 (MQ=255) aaCCGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGcc > 2:4634312/1‑150 (MQ=255) ccGCGCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCtt < 2:3160091/150‑1 (MQ=255) cgcgCCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCttt < 2:4500244/150‑1 (MQ=255) gcCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATc < 2:175759/150‑1 (MQ=255) gcCCATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATc < 2:175566/150‑1 (MQ=255) cccATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTGTTGATGCCTTTATCg < 2:852402/150‑1 (MQ=255) ccATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGt > 2:2478770/1‑150 (MQ=255) ccATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGt > 2:3361762/1‑150 (MQ=255) ccATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGt > 1:2696629/1‑150 (MQ=255) cATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGtt < 2:1140013/150‑1 (MQ=255) cATTGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGtt > 2:1115469/1‑150 (MQ=255) ttGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCAGTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCa > 1:4290255/1‑150 (MQ=255) tGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCaa > 1:1716144/1‑150 (MQ=255) tGCCATCGCATCGTTGTTGGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCaa < 2:3200214/150‑1 (MQ=255) 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tgttgGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGACTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGt > 2:4351723/1‑150 (MQ=255) gttgGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGTCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTa < 2:3837973/150‑1 (MQ=255) tgGCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAg > 1:3050258/1‑150 (MQ=255) ggCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGt < 2:4536285/150‑1 (MQ=255) gCGATAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTg < 2:2857066/150‑1 (MQ=255) 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aTAACCACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTa > 1:330123/1‑150 (MQ=255) cACTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGc < 2:3743415/150‑1 (MQ=255) aCTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCt < 1:1043566/150‑1 (MQ=255) aCTTCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCt > 2:2539413/1‑150 (MQ=255) tCGATTTTGTTGGCGTTCGGGCCAGACAGCCAGGCGTCCATCTTATCTTTCGCCTGAGCGGTGTCCCACATTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCt < 1:3627306/150‑1 (MQ=255) 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acaTTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCTGCATCCGGATGGCCCGGTTCACCTTACAGCAGTACGAACTGAATCTGACCGTCTTTGTTCAGATccc > 1:3926228/1‑150 (MQ=255) caTTGCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCTGCATCCGGATGGCCCGGTTCACCTTTCAGCAGTACGAACTGAATCTGACCGTCTTTGTTCAGATCCCa > 1:2622591/1‑150 (MQ=255) gCGGTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCTGCATCCGGATGGCCCGGTTCACCTTTCAGCAGTACGAACTGAATCTGACCGTCTTTGTTCAGATCCCAAccc > 1:46392/1‑150 (MQ=255) gTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCTGCATCCGGATGGCCCGGTTCACCTTTCAGCAGTACGAACTGAATCTGACCGTCTTTGTTCAGATCCCAACCCTGa < 2:714067/150‑1 (MQ=255) gTATCTAACTGTAACTGTTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCTGCATCCGGATGGCCCGGTTCACCTTTCAGCAGTACGAACTGAATCTGACCGTCTTTGTTCAGATCCCAACCCTGa > 2:580383/1‑150 (MQ=255) 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taactgtaactgTTCAGTGTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCTGCATCCGGATGGCCCGGTTCACCTTTCAGCAGTACGAACTGAATCTGACCGTCTTTGTTCAGATCCCAACCCTGATTcgc > 1:4047476/1‑150 (MQ=255) actgtaactgtTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCTGCATCCGGATGGCCCGGTTCACCTTTCAGCAGTACGAACTGAATCTGACCGTCTTTGTTCAGATCCCAACCCTGATTcgccg < 1:2408984/150‑1 (MQ=255) ctgtaactgtTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCTGCATCCGGATGGCCCGGTTCACCTTTCAGCAGTACGAACTGAATCTGACCGTCTTTGTTCAGATCCCAACCCTGATTcgccgc > 2:4608202/1‑150 (MQ=255) gtaactgtTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCTGCATCCGGATGGCCCGGTTCACCTTTCAGCAGTACGAACTGAATCTGACCGTCTTTGTTCAGATCCCAACCCTGATTCGCCGccc < 2:4097359/150‑1 (MQ=255) aactgtTCAGTTTTGATGCCTTTATCGTTCAATTCTTTAATCACGTAAGTGGTACGTGCTTCTGCATCCGGATGGCCCGGTTCACCTTTCAGCAGTACGAACTGAATCTGACCGTCTTTGTTCAGATCCCAACCCTGATTCGCCGCCCAg > 1:1122019/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |