Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,264,143 | G→A | 100% | intergenic (+119/‑62) | mepS → / → rtn | murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein/resistance protein for phages lambda and N4, putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,264,143 | 0 | G | A | 98.7% | 1024.5 / 1.8 | 295 | intergenic (+119/‑62) | mepS/rtn | murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein/resistance protein for phages lambda and N4, putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base A (157/134); total (160/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
AAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCATTGTTGCAGGCGTAATGATTGCGATACTGGTGAGTT > CP009273/2263996‑2264289 | atcACGACGGGTTCTCAGCCGCATCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGTCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACta < 1:3681070/148‑1 (MQ=255) aCGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAg > 1:3921767/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAg < 1:476049/150‑1 (MQ=255) aCGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGATTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAg < 1:2807391/150‑1 (MQ=255) ggTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGt < 1:4123430/150‑1 (MQ=255) gTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTc > 1:4635351/1‑150 (MQ=255) ttCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTCTAGTCCGGTCa > 2:218365/1‑150 (MQ=255) ttCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCa < 1:905702/150‑1 (MQ=255) tctcAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCAt < 1:1970994/150‑1 (MQ=255) ctcAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCAtt < 2:64763/150‑1 (MQ=255) ctcAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCAtt < 2:3774502/150‑1 (MQ=255) ctcAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCAtt > 1:2499678/1‑150 (MQ=255) ctcAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCAtt < 1:2019597/150‑1 (MQ=255) tcAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTg > 2:1061833/1‑150 (MQ=255) tcAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTg > 2:281453/1‑150 (MQ=255) tcAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTg < 2:3392234/150‑1 (MQ=255) cAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGt > 1:2915525/1‑150 (MQ=255) aGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGtt > 1:104205/1‑150 (MQ=255) gCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTa < 2:2433308/150‑1 (MQ=255) cGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATc < 2:1041852/150‑1 (MQ=255) gCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCt < 2:569598/150‑1 (MQ=255) catcTAATAAATCGTTTGGATGCAATCACTTGTCTATCCTGACGAGTTAACTGAATGCTATTATTTTGCAGTGCTTTTTTGTTTTCTTTCATCAGAGAATATGATTTTTCCGCGTCTTGTTCCAGACTATAGTCCGTTAATTGTTATCtt < 2:3188259/147‑1 (MQ=255) cTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTa > 1:2561942/1‑150 (MQ=255) taataaACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTaa < 1:1085662/150‑1 (MQ=255) aataaACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTaaa < 1:1767578/150‑1 (MQ=255) aataaACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTaaa > 1:4396132/1‑150 (MQ=255) aataaACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTaaa > 1:4341772/1‑150 (MQ=255) aaCCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAAtgtt < 1:777339/150‑1 (MQ=255) aaCCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCAGTGTTATCTTTTAAAtgtt > 1:1054761/1‑150 (MQ=255) ttGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTa < 2:4039012/150‑1 (MQ=255) tGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTaa > 1:960159/1‑150 (MQ=255) ggATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAAt < 2:1909795/150‑1 (MQ=255) gATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAAtt < 2:7236/150‑1 (MQ=255) 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tCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAAt < 1:1847905/150‑1 (MQ=255) tGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCAt < 2:1403503/150‑1 (MQ=255) aCGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGt > 2:3637960/1‑150 (MQ=255) cGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGtt > 2:4427407/1‑150 (MQ=255) cGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGtt > 1:2427637/1‑150 (MQ=255) 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tttttGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCt < 2:313437/150‑1 (MQ=255) ttGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCt < 1:224820/150‑1 (MQ=255) ttGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCt < 2:1410169/150‑1 (MQ=255) tGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCtt > 1:1303233/1‑150 (MQ=255) tGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCtt < 2:3313610/150‑1 (MQ=255) ttttCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTAc < 1:921117/150‑1 (MQ=255) ttcattcaTCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCt < 1:2007330/150‑1 (MQ=255) tcattcatCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTg > 2:1250756/1‑150 (MQ=255) tcattcatCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTg < 2:2686369/150‑1 (MQ=255) attcatCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCa > 2:1775003/1‑150 (MQ=255) 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agagAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCATTGTTGc > 1:706909/1‑150 (MQ=255) agagAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCATTGTTGc < 1:4438912/150‑1 (MQ=255) gagaAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCATTGTTGCa < 2:2581865/150‑1 (MQ=255) agaAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCATTGTTGCAg < 1:3479152/150‑1 (MQ=255) aaaaTGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCATTGTTGCAGGc > 1:1136069/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |