| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 162,905 | G→T | 57.9% | V563V (GTG→GTT) | mrcB → | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 162,905 | 0 | G | T | 57.9% | 34.2 / inf | 283 | V563V (GTG→GTT) | mrcB | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/68); new base T (91/73); total (142/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
AGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGGCGCTGGGGCTGCCTGCGGTTACGGAGACCTGGATTAAACTGGGCGTACCGAAAGATCAGTTGCATCCGGTTCCGGCAATGCTGCTGGG > CP009273/162758‑163051 | aGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGAt > 2:1506357/1‑150 (MQ=255) cGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGc > 1:1793080/1‑150 (MQ=255) gACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCt > 1:4171588/1‑150 (MQ=255) aCTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCtg > 1:1959011/1‑150 (MQ=255) tATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCtggtg > 1:2189954/1‑150 (MQ=255) tGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTACGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATg < 1:1029501/150‑1 (MQ=255) tGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTACGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATg < 1:2849308/150‑1 (MQ=255) ggCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCTGGTGGATGCGtt < 2:2765761/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |