Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,361,434 | C→T | 8.0% | I295I (ATC→ATT) | arnC → | undecaprenyl phosphate‑L‑Ara4FN transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,361,434 | 0 | C | T | 8.0% | 852.1 / 41.4 | 250 | I295I (ATC→ATT) | arnC | undecaprenyl phosphate‑L‑Ara4FN transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (94/135); new base T (15/5); total (109/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
GAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGAAAACCGTCGTTTTTGCCTACCACGATATGGGATGCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCC > CP009273/2361286‑2361583 | gAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCg < 2:1557314/150‑1 (MQ=255) ggTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGc > 2:3189793/1‑150 (MQ=255) gTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTACTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCa > 1:3566059/1‑150 (MQ=255) gTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTACTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCa > 1:3565479/1‑150 (MQ=255) ttttAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAg < 2:252438/150‑1 (MQ=255) tttAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAgg < 1:4144164/150‑1 (MQ=255) tttAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAgg < 1:4143157/150‑1 (MQ=255) ttAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGa < 2:301862/150‑1 (MQ=255) ttAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGa < 2:4584951/150‑1 (MQ=255) cATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTa < 2:3406563/150‑1 (MQ=255) tgctgcTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGTTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATg < 1:1019852/150‑1 (MQ=255) tgctgcTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATg < 1:3029365/150‑1 (MQ=255) tgctgGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTcc < 2:4539573/150‑1 (MQ=255) ctgGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCcgc > 1:2278437/1‑150 (MQ=255) tGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGcgccc < 1:931561/150‑1 (MQ=255) ttACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGcccc < 2:3344608/150‑1 (MQ=255) aCGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCg < 1:1659924/150‑1 (MQ=255) cTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTAt < 2:1598683/150‑1 (MQ=255) 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aCCACAATGGGCGGAAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATAAATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCACCGCTATTTTGTTCAGCa > 2:3637892/1‑150 (MQ=255) acaATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGt < 1:4541765/150‑1 (MQ=255) caATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGtt < 2:4547376/150‑1 (MQ=255) caATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGtt < 2:2826426/150‑1 (MQ=255) caATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGtt > 2:4631377/1‑150 (MQ=255) gggCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATcc < 1:3724641/150‑1 (MQ=255) gggCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATcc < 2:2839222/150‑1 (MQ=255) ggcggcAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTATCTCGGCGCACAGTTTATCGGCATGGGTTTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCg < 2:1234360/150‑1 (MQ=255) cggcAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGATTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGtc < 2:2260490/150‑1 (MQ=255) ggcAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATTGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGtcc < 1:4597458/150‑1 (MQ=255) 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gAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTCTTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGtccatcc < 2:4243353/150‑1 (MQ=255) gAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGtccatcc > 2:2133357/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGtccatcc > 1:254123/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGtccatcc > 1:1311542/1‑150 (MQ=255) gCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCa < 2:2889673/150‑1 (MQ=255) 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gTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAg < 1:2379042/150‑1 (MQ=255) tCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAgg < 2:3291312/150‑1 (MQ=255) cTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGa < 2:2934285/150‑1 (MQ=255) ttATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGaaa > 1:3506362/1‑150 (MQ=255) tGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATTGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATg > 2:1145588/1‑150 (MQ=255) 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tttGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGaataa > 2:1838396/1‑150 (MQ=255) tttGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGaataa < 2:3340794/150‑1 (MQ=255) tGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATg < 1:3437196/150‑1 (MQ=255) tGCCGTGCTGATAACTATTCCTGGCGCTCACCTCATCGGCATGGGATTACTCGGTGACTATACCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATg < 2:1918385/150‑1 (MQ=255) gCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGa < 2:1218166/150‑1 (MQ=255) ccGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGaa > 1:3929250/1‑150 (MQ=255) gTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGaaaa > 2:2262377/1‑150 (MQ=255) gTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGaaaa < 1:380292/150‑1 (MQ=255) tGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATTGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGAAAAc > 2:1295571/1‑150 (MQ=255) gTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGAAAACcgtc < 1:1699219/150‑1 (MQ=255) 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gTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGAAAACCGTCGTTTTTGCCTACCACGATATg < 1:1423613/150‑1 (MQ=255) tttATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATTCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGAAAACCGTCGTTTTTGCCTACCACGATATgg > 1:2545972/1‑150 (MQ=255) tATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGAAAACCGTCGTTTTTGCCTACCACGATATGGGa > 1:1022933/1‑150 (MQ=255) tATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGAAAACCGTCGTTTTTGCCTACCACGATATGGGa > 1:112112/1‑150 (MQ=255) tATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGAAAACCGTCGTTTTTGCCTACCACGATATGGGa > 2:734145/1‑150 (MQ=255) 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atatCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGAAAACCGTCGTTTTTGCCTACCACGATATGGGATGCCTCGGTATTGAAGCCCTgctggc < 1:3189793/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGAAAACCGTCGTTTTTGCCTACCACGATATGGGATGCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGcc < 2:1957225/150‑1 (MQ=255) | GAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTACGCCTGACCTTCGGACCACAATGGGCGGCAGAAGGCGTCTTTATGCTATTTGCCGTGCTGTTTACTTTTATTGGCGCTCAGTTTATCGGCATGGGATTACTCGGTGAATATATCGGCAGGATCTACACCGATGTCCGCGCCCGCCCCCGCTATTTTGTTCAGCAAGTTATCCGTCCATCCAGCAAGGAAAATGAATAATGAAAACCGTCGTTTTTGCCTACCACGATATGGGATGCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCC > CP009273/2361286‑2361583 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |