| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,444,107 | T→G | 19.4% | N150H (AAT→CAT) | yfcQ ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 2,444,107 | 0 | T | G | 19.4% | 434.6 / 145.5 | 222 | N150H (AAT→CAT) | yfcQ | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (96/83); new base G (18/25); total (114/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
AATTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTAC > CP009273/2443958‑2444254 | aaTTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAAtt < 2:2353186/150‑1 (MQ=255) aTTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTc < 1:4266238/150‑1 (MQ=255) ttACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCg < 2:626675/150‑1 (MQ=255) 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aaaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTa > 1:4143210/1‑150 (MQ=255) aaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTaa < 2:1484021/150‑1 (MQ=255) aaTGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTaa > 1:332491/1‑150 (MQ=255) cAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAAcaca < 2:3906516/150‑1 (MQ=255) cAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATGCGTATCGCTTAAcaca < 1:371851/150‑1 (MQ=255) 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aaTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTa < 2:131703/150‑1 (MQ=255) aTTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTAc < 2:1586465/150‑1 (MQ=255) | AATTACCGGAGAAATGCAGATTATTATCTGCCGCGAATAACGTGCTACTCATTGCCAATATCAGCCCCGCTAACAGGACGTAACCACCGGACTGAATCATTGATTTATTCATTGATAATCCACCCGTAATGTTGCGTAAGCCGAAAAATTCGTATCGCTTAACACAGCATCACTCGCTTTTACCGGTACGGCCTCCAGCTTCGGCTTTTGCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTAC > CP009273/2443958‑2444254 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |