| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,501,358 | G→T | 17.1% | R6S (CGC→AGC) | fryC ← | putative enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,501,358 | 0 | G | T | 17.1% | 889.0 / 109.1 | 283 | R6S (CGC→AGC) | fryC | putative enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (78/156); new base T (24/24); total (103/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
CACACCGCCCATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCGCAGCGTTTTTAATTGCGTCCTGCAAAGTGATTTCATAAACGTCGCGTGATTCGAAACGTTCG > CP009273/2501209‑2501506 | cacaCCGCCCATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCg > 1:1569174/1‑150 (MQ=255) gaccATAATTAAGGTCTGCACCATGCGTTAAATCCCTGACATCACATGCTTAGGGACTTCACCACATAATCTTGTTTTAGAGGCCAGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGTCACACCGGTTTCACTGCAttttat > 1:1268475/3‑148 (MQ=255) gCCCATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGtttttt < 2:3745894/150‑1 (MQ=255) ccATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTaa > 2:1143235/1‑150 (MQ=255) cATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAAt < 1:2728346/150‑1 (MQ=255) cATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAAt > 2:41830/1‑150 (MQ=255) cATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAAt < 1:1848871/150‑1 (MQ=255) tAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATgg > 2:3596423/1‑150 (MQ=255) tAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATgg < 2:3473570/150‑1 (MQ=255) aaTTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGc > 2:89460/1‑150 (MQ=255) aaTTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGc > 1:2788229/1‑150 (MQ=255) ttAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCa < 1:707409/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAAc > 1:4005335/1‑150 (MQ=255) gTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACa > 1:1434378/1‑150 (MQ=255) cACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTAt > 2:2213108/1‑150 (MQ=255) cACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTAt < 1:2476585/150‑1 (MQ=255) cACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTAt < 1:2919458/150‑1 (MQ=255) cATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATccc < 1:13451/150‑1 (MQ=255) 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aaTCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAata < 2:4467456/150‑1 (MQ=255) tCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATAtt < 2:2108127/150‑1 (MQ=255) tCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATAtt < 1:1166046/150‑1 (MQ=255) cccTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACACCGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTa > 1:4315345/1‑150 (MQ=255) cccTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTa < 1:4477725/150‑1 (MQ=255) 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cGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAat > 2:601668/1‑150 (MQ=255) gggAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAatc > 1:2844999/1‑150 (MQ=255) gggAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAatc > 1:3525169/1‑150 (MQ=255) gAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAatcat < 2:1031207/150‑1 (MQ=255) gTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTATCTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCAtct < 2:403410/150‑1 (MQ=255) gTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCAtct < 1:3458987/150‑1 (MQ=255) cACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCtt < 1:3238891/150‑1 (MQ=255) cACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCtt < 2:2138620/150‑1 (MQ=255) aGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGAttt > 1:3787003/1‑150 (MQ=255) aGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCtt > 2:1296016/1‑150 (MQ=255) 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tAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGc > 2:4151063/1‑150 (MQ=255) agagGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGcc > 1:3388732/1‑150 (MQ=255) agagGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGGTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGcc < 2:2821300/150‑1 (MQ=255) agGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCg < 2:1749213/150‑1 (MQ=255) ccTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCGCAg < 2:1569174/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |