Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,526,851 | A→T | 52.1% | intergenic (+112/‑272) | cysK → / → ptsH | cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit/phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of PTS system (Hpr) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,526,851 | 0 | A | T | 52.1% | 49.4 / inf | 282 | intergenic (+112/‑272) | cysK/ptsH | cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit/phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of PTS system (Hpr) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (76/59); new base T (82/65); total (158/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
TTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAGCGGCATAATGTTTAATGACGTACGAAACGTCAGCGGTCAACACCCGCCAGCAATGGA > CP009273/2526702‑2527000 | ccGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTAcc > 2:1535747/1‑150 (MQ=255) tctTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTa < 2:2731423/150‑1 (MQ=255) aCTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAattat < 1:1075919/150‑1 (MQ=255) tGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTAttt < 2:3353224/150‑1 (MQ=255) gagaAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTAtttt < 1:384548/150‑1 (MQ=255) agaaagaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTg < 1:1326458/150‑1 (MQ=255) aaagaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGAt < 2:1053775/150‑1 (MQ=255) aaagaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGAt < 2:1054273/150‑1 (MQ=255) agaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATgc > 2:1299175/1‑150 (MQ=255) gaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCTGCCTGTCGGAACTGGTATTTTAGCAGAGTAATTAGTTTGATgcg > 2:4010409/1‑150 (MQ=255) aaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATgcgc < 2:305658/150‑1 (MQ=255) aaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATgcgc > 2:197607/1‑150 (MQ=255) aaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATgcgc > 2:2394271/1‑150 (MQ=255) cAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAAt < 2:3207180/150‑1 (MQ=255) aaCAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAAtt > 2:85901/1‑150 (MQ=255) aGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAAt > 2:3577738/1‑150 (MQ=255) aGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCACCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGGGCGAACTTAAt > 2:2350485/1‑150 (MQ=255) gTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATc < 1:3462494/150‑1 (MQ=255) tAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCg > 1:3839340/1‑150 (MQ=255) aTGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGtt > 1:4563694/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTa > 1:1590615/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTa > 1:2995787/1‑150 (MQ=255) ccAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACa < 1:689535/150‑1 (MQ=255) 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cGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGa < 1:3896626/150‑1 (MQ=255) gTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGaa > 1:4566237/1‑150 (MQ=255) gTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGaa > 2:18788/1‑150 (MQ=255) aaaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCg > 1:3278370/1‑150 (MQ=255) aaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCGGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGa > 1:1441365/1‑150 (MQ=255) aaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGa > 2:4483286/1‑150 (MQ=255) aaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGa > 2:2186187/1‑150 (MQ=255) aaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGa > 1:1725559/1‑150 (MQ=255) aaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGa > 1:291101/1‑150 (MQ=255) aaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGa > 1:2941261/1‑150 (MQ=255) aaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGa > 2:2876778/1‑150 (MQ=255) aaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGAt < 2:4583781/150‑1 (MQ=255) aaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGAtt > 1:499560/1‑150 (MQ=255) aaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGAtg > 1:632388/1‑149 (MQ=255) aGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGAttt < 2:4156650/150‑1 (MQ=255) 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tttttAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGAt < 1:3732936/150‑1 (MQ=255) tAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTgg < 1:957098/150‑1 (MQ=255) aGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGt > 1:1982698/1‑150 (MQ=255) ggTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGtt > 1:4105318/1‑150 (MQ=255) ttttttGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAAtt < 1:1912195/150‑1 (MQ=255) 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ggTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAGCGGCATAATGTTTAATGACGTACGAAACGTCAGCGGTCAACACCCGCCAg > 1:4503231/1‑150 (MQ=255) gTATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAGCGGCATAATGTTTAATGACGTACGAAACGTCAGCGGTCAACACCCGCCAGc > 2:1781582/1‑150 (MQ=255) gTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAGCGGCATAATGTTTAATGACGTACGAAACGTCAGCGGTCAACACCCGCCAGc < 2:2767557/150‑1 (MQ=255) tATTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAGCGGCATAATGTTTAATGACGTACGAAACGTCAGCGGTCAACACCCGCCAGCa > 1:3078355/1‑150 (MQ=255) aTTTTACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAGCGGCATAATGTTTAATGACGTACGAAACGTCAGCGGTCAACACCCGCCAGCaa < 1:2684874/150‑1 (MQ=255) aTTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAGCGGCATAATGTTTAATGACGTACGAAACGTCAGCGGTCAACACCCGCCAGCaa > 2:2475905/1‑150 (MQ=255) aaCCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAGCGGCATAATGTTTAATGACGTACGAAACGTCAGCGGTCAACACCCGCCAGCAATGGa < 1:4263563/150‑1 (MQ=255) | TTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAGCGGCATAATGTTTAATGACGTACGAAACGTCAGCGGTCAACACCCGCCAGCAATGGA > CP009273/2526702‑2527000 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |