Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,589,808 | G→T | 53.8% | Q97K (CAG→AAG) | ypfJ ← | putative neutral zinc metallopeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,589,808 | 0 | G | T | 53.8% | 51.9 / inf | 267 | Q97K (CAG→AAG) | ypfJ | putative neutral zinc metallopeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/56); new base T (85/59); total (152/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.54e-01 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
AGAAGGAGAGATCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATCAACACCATAGTAGCCT > CP009273/2589661‑2589956 | aGAAGGAGAGATCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGTTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACtgtt < 1:4182353/150‑1 (MQ=255) gAAGGAGAGATCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACttttg > 2:1422657/1‑150 (MQ=255) aaGGAGAGATCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACttttgt < 2:770340/150‑1 (MQ=255) 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tCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGgtg > 2:4028650/1‑150 (MQ=255) cGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGgtgt < 1:2496556/150‑1 (MQ=255) cGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGgtgt < 1:3209604/150‑1 (MQ=255) gATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTc > 1:1098196/1‑150 (MQ=255) aaaCCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCg > 2:1136986/1‑150 (MQ=255) 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cATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCa > 1:1527245/1‑150 (MQ=255) ccgccgGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGaa > 2:3977263/1‑150 (MQ=255) ccgccgGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGaa < 1:2059508/150‑1 (MQ=255) ccgccgGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGaa < 1:2307805/150‑1 (MQ=255) ggCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGTCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCg < 2:4533180/150‑1 (MQ=255) 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ggCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAAtttt > 1:3531023/1‑150 (MQ=255) ggCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAAtttt < 1:1995712/150‑1 (MQ=255) cccATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCg > 1:1182866/1‑150 (MQ=255) cccATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCg < 1:1654421/150‑1 (MQ=255) cccATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCg < 2:4029163/150‑1 (MQ=255) ttATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCtt < 1:580507/150‑1 (MQ=255) ttATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCtt > 2:1363977/1‑150 (MQ=255) aTGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCg > 1:3886802/1‑150 (MQ=255) aTGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCg < 1:3398415/150‑1 (MQ=255) ggACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTc > 2:1060033/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |