| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,614,721 | C→A | 40.2% | R56S (CGT→AGT) | purM → | phosphoribosylaminoimidazole synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,614,721 | 0 | C | A | 40.2% | 345.3 / 306.4 | 271 | R56S (CGT→AGT) | purM | phosphoribosylaminoimidazole synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (86/76); new base A (57/52); total (143/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
CTCTTAGCTACAAAGATGCCGGTGTTGATATTGACGCGGGTAATGCTCTGGTTGGAAGAATCAAAGGCGTAGTGAAGAAAACGCGTCGTCCGGAAGTGATGGGCGGTCTGGGCGGCTTCGGTGCGCTGTGTGCATTGCCGCAAAAATATCGTGAACCCGTGCTGGTTTCTGGCACTGACGGCGTAGGTACCAAGCTGCGTCTGGCAATGGACTTAAAACGTCACGACACCATTGGTATTGATCTGGTCGCCATGTGCGTTAATGACCTGGTGGTGCAAGGTGCAGAGCCGCTGTTTTTC > CP009273/2614572‑2614870 | ctctTAGCTACAAAGATGCCGGTGTTGATATTGACGCGGGTAATGCTCTGGTTGGAAGAATCAAAGGCGTAGTGAAGAAAACGCGTCGTCCGGAAGTGATGGGCGGTCTGGGCGGCTTCGGTGCGCTGTGTGCATTGCCGCAAAAATATc > 2:3184266/1‑150 (MQ=255) tctTAGCTACAAAGATGCCGGTGTTGATATTGACGCGGGTAATGCTCTGGTTGGAAGAATCAAAGGCGTAGTGAAGAAAACGCGTCGTCCGGAAGTGATGGGCGGTCTGGGCGGCTTCGGTGCGCTGTGTGCATTGCCGCAAAAATATCg < 1:2255642/150‑1 (MQ=255) ttAGCTACAAAGATGCCGGTGTTGATATTGACGCGGGTAATGCTCTGGTTGGAAGAATCAAAGGCGTAGTGAAGAAAACGCGTCGTCCGGAAGTGATGGGCGGTCTGGGCGGCTTCGGTGCGCTGTGTGCATTGCCGCAAAAATATAGTg < 2:930947/150‑1 (MQ=255) 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tgtgtgCATTGCCGCAAAAATATAGTGAACCCGTGCTGGTTTCTGGCACTGACGGCGTAGGTACCAAGCTGCGTCTGGCAATGGACTTAAAACGTCACGACACCATTGGTATTGATCTGGTCGCCATGTGCGTTAATGACCTGGTGGTGc > 1:1055993/1‑150 (MQ=255) gtgCATTGCCGCAAAAATATAGTGAACCCGTGCTGGTTTCTGGCACTGACGGCGTAGGTACCAAGCTGCGTCTGGCAATGGACTTAAAACGTCACGACACCATTGGTATTGATCTGGTCGCCATGTGCGTTAATGACCTGGTGGTGCAAg > 1:2838599/1‑150 (MQ=255) gtgCATTGCCGCAAAAATATAGTGAACCCGTGCTGGTTTCTGGCACTGACGGCGTAGGTACCAAGCTGCGTCTGGCAATGGACTTAAAACGTCACGACACCATTGGTATTGATCTGGTCGCCATGTGCGTTAATGACCTGGTGGTGCAAg > 1:238943/1‑150 (MQ=255) gCATTGCCGCAAAAATATCGTGAACCCGTGCTGGTTTCTGGCACTGACGGCGTAGGTACCAAGCTGCGTCTGGCAATGGACTTAAAACGTCACGACACCATTGGTATTGATCTGGTCGCCATGTGCGTTAATGACCTGGTGGTGCAAGGt > 2:3799466/1‑150 (MQ=255) aTTGCCGCAAAAATATAGTGAACCCGTGCTGGTTTCTGGCACTGACGGCGTAGGTACCAAGCTGCGTCTGGCAATGGACTTAAAACGTCACGACACCATTGGTATTGATCTGGTCGCCATGTGCGTTAATGACCTGGTGGTGCAAGGTGc < 2:4376608/150‑1 (MQ=255) 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tatCGTGAACCCGTGCTGGTTTCTGGCACTGACGGCGTAGGTACCAAGCTGCGTCTGGCAATGGACTTAAAACGTCACGACACCATTGGTATTGATCTGGTCGCCATGTGCGTTAATGACCTGGTGGTGCAAGGTGCAGAGCCGCTGttt < 1:2117130/150‑1 (MQ=255) cGTGAACCCGTGCTGGTTTCTGGCACTGACGGCGTAGGTACCAAGCTGCGTCTGGCAATGGACTTAAAACGTCACGACACCATTGGTATTGATCTGGTCGCCATGTGCGTTAATGACCTGGTGGTGCAAGGTGCAGAGCCGCTGTTTTTc > 1:1369639/1‑150 (MQ=255) | CTCTTAGCTACAAAGATGCCGGTGTTGATATTGACGCGGGTAATGCTCTGGTTGGAAGAATCAAAGGCGTAGTGAAGAAAACGCGTCGTCCGGAAGTGATGGGCGGTCTGGGCGGCTTCGGTGCGCTGTGTGCATTGCCGCAAAAATATCGTGAACCCGTGCTGGTTTCTGGCACTGACGGCGTAGGTACCAAGCTGCGTCTGGCAATGGACTTAAAACGTCACGACACCATTGGTATTGATCTGGTCGCCATGTGCGTTAATGACCTGGTGGTGCAAGGTGCAGAGCCGCTGTTTTTC > CP009273/2614572‑2614870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |