Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,694,843 | G→T | 82.2% | I82I (ATC→ATA) | pdxJ ← | pyridoxine 5'‑phosphate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,694,843 | 0 | G | T | 82.2% | 613.2 / 175.8 | 292 | I82I (ATC→ATA) | pdxJ | pyridoxine 5'‑phosphate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/18); new base T (131/109); total (165/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
GAGAAACCTGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGGC > CP009273/2694695‑2694989 | gagaAACCTGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGa < 2:3352033/150‑1 (MQ=255) agaAACCTGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTAt > 1:2637654/1‑150 (MQ=255) agaAACCTGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGAt > 1:825944/1‑150 (MQ=255) aaaCCTGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCg > 1:1071474/1‑150 (MQ=255) ccTGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCa > 1:2576663/1‑150 (MQ=255) tGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGc > 2:1176461/1‑150 (MQ=255) aaTCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCAt > 1:3265299/1‑150 (MQ=255) cGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCtt < 1:347581/150‑1 (MQ=255) cGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCtt > 2:4448542/1‑150 (MQ=255) ggCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTc < 1:3302755/150‑1 (MQ=255) cATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCgg > 2:3639602/1‑150 (MQ=255) gCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCAcc < 2:3505594/150‑1 (MQ=255) ccAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCg > 1:3116095/1‑150 (MQ=255) ccAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCg > 1:3116061/1‑150 (MQ=255) aGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGcc > 1:3398077/1‑150 (MQ=255) cGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCAtc > 2:2820832/1‑150 (MQ=255) gTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCAtct < 2:3061435/150‑1 (MQ=255) gTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCAtct < 2:2182525/150‑1 (MQ=255) tGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCa > 1:1043445/1‑150 (MQ=255) ggCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGAtt < 2:4049672/150‑1 (MQ=255) gCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTc > 2:2071376/1‑150 (MQ=255) cATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCa < 2:738171/150‑1 (MQ=255) cATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCa < 2:1489829/150‑1 (MQ=255) cATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCa < 1:1443688/150‑1 (MQ=255) cATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCa > 1:1701651/1‑150 (MQ=255) cATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCa < 1:386182/150‑1 (MQ=255) tCGCGCATTTTGTCTCGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCGTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATg < 2:3957698/150‑1 (MQ=255) gcATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCCGATTCATGCggg < 1:523505/150‑1 (MQ=255) cATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGt < 2:473617/150‑1 (MQ=255) gTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAg < 1:4468716/150‑1 (MQ=255) gTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAg < 1:3777540/150‑1 (MQ=255) cACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCg < 1:3827578/150‑1 (MQ=255) aCGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGt > 1:2545959/1‑150 (MQ=255) tGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGa < 1:911974/150‑1 (MQ=255) gCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGAc < 2:864005/150‑1 (MQ=255) gCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGAc > 1:2719174/1‑150 (MQ=255) ccTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGc > 1:2028945/1‑150 (MQ=255) tGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAg > 2:1847412/1‑150 (MQ=255) tGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAg < 1:1624443/150‑1 (MQ=255) cGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGa < 2:4111300/150‑1 (MQ=255) gACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGAt > 1:3951950/1‑150 (MQ=255) gACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGAt < 2:1988540/150‑1 (MQ=255) gACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGAt > 1:4329357/1‑150 (MQ=255) gACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGAt < 2:607298/150‑1 (MQ=255) aCATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATg < 2:803195/150‑1 (MQ=255) aCATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATg > 1:3600254/1‑150 (MQ=255) aCATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATg > 1:1273615/1‑150 (MQ=255) aTCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATgcg > 2:1416140/1‑150 (MQ=255) tCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATgcgc > 2:3034305/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCAc > 1:1002117/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCAc > 1:1002350/1‑150 (MQ=255) gccgccTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTc < 2:2849846/150‑1 (MQ=255) cgccTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTcgc > 1:4228081/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |