| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,780,661 | C→A | 15.8% | pseudogene (906/2253 nt) | ygaQ → | uncharacterized protein; putative enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,780,661 | 0 | C | A | 15.8% | 831.9 / 92.0 | 258 | pseudogene (906/2253 nt) | ygaQ | uncharacterized protein; putative enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (119/98); new base A (20/21); total (139/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TTCCGCGCCGACGGACCAGAAACTCCCGAAGAAGAAAAGGGTTACTGGTTTCATGCTTATCAACCCGAAGATCTTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCTAAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGA > CP009273/2780512‑2780809 | ttCCGCGCCGACGGACCAGAAACTCCCGAAGAAGAAAAGGGTTACTGGTTTCATGCTTATCAACCCGAAGATCTTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCTAAAAAATTTGGTATc > 1:293526/1‑150 (MQ=255) cgcgCCGACGGACCAGAAACTCCCGAAGAAGAAAAGGGTTACTGGTTTCATGCTTATCAACCCGAAGATCTTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCTAAAAAATTTGGTATCGat < 1:1130961/150‑1 (MQ=255) gcgcCGACGGACCAGAAACTCCCGAAGAAGAAAAGGGTTACTGGTTTCATGCTTATCAACCCGAAGATCTTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCTAAAAAATTTGGTATCGata < 1:1533023/150‑1 (MQ=255) 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aTCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTg < 2:1689282/150‑1 (MQ=255) tCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGa > 2:4196031/1‑150 (MQ=255) | TTCCGCGCCGACGGACCAGAAACTCCCGAAGAAGAAAAGGGTTACTGGTTTCATGCTTATCAACCCGAAGATCTTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCTAAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTCAGGTTTTGA > CP009273/2780512‑2780809 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |