| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,799,737 | C→A | 12.2% | V123V (GTC→GTA) | proW → | glycine betaine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,799,737 | 0 | C | A | 12.2% | 1112.9 / 80.1 | 312 | V123V (GTC→GTA) | proW | glycine betaine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (130/143); new base A (26/13); total (156/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.89e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TGGGTCGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAA > CP009273/2799588‑2799885 | gggTCGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCg < 2:3783754/150‑1 (MQ=255) tCGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGaa < 2:1671338/150‑1 (MQ=255) ttACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATgg < 2:2952585/150‑1 (MQ=255) cccATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGgtg > 2:1076238/1‑150 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGtgtg < 2:4186421/150‑1 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTACAGAAATTTCTTCTGGGTATGGCCGCACCGGTGGAGATTTTCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGTGTCGGAATGGGtgtg < 2:794211/150‑1 (MQ=255) aTTTCCGTCCCGTCGTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATACTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTgg < 1:1275523/150‑1 (MQ=255) tttCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAAGTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGc < 2:1840056/150‑1 (MQ=255) cgtcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACg > 1:2811269/1‑150 (MQ=255) gtcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGc > 1:1038894/1‑150 (MQ=255) gtcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGc < 1:3755338/150‑1 (MQ=255) tcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCt < 2:4468491/150‑1 (MQ=255) tcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCt > 1:3328286/1‑150 (MQ=255) gtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATAACCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGACGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGtt > 2:2308924/1‑150 (MQ=255) tcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGttt < 2:722999/150‑1 (MQ=255) tcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGttt < 1:898263/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCt > 1:2527853/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTg < 2:4320943/150‑1 (MQ=255) 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cgTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCgg > 1:2454421/1‑150 (MQ=255) gTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGgc < 2:2554673/150‑1 (MQ=255) tCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGgcgc > 1:1857947/1‑150 (MQ=255) cGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCaa > 1:2905057/1‑150 (MQ=255) gTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATc < 2:3684786/150‑1 (MQ=255) 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ggTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCgag < 2:4054136/150‑1 (MQ=255) ggTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCgag > 2:540594/1‑150 (MQ=255) | TGGGTCGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAA > CP009273/2799588‑2799885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |