| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,833,263 | C→A | 28.3% | V127V (GTC→GTA) | ascF → | fused cellobiose/arbutin/salicin‑specific PTS enzymes: IIB component/IC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,833,263 | 0 | C | A | 28.3% | 652.1 / 209.5 | 288 | V127V (GTC→GTA) | ascF | fused cellobiose/arbutin/salicin‑specific PTS enzymes: IIB component/IC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/93); new base A (37/45); total (150/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
CGTCAGCCTGCTGCCGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACC > CP009273/2833116‑2833407 | cgtcAGCCTGCTGCCGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTaaa > 2:3448177/1‑150 (MQ=255)cgtcAGCCTGCTGCCGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCaa > 1:3172744/1‑150 (MQ=255) tcAGCCTGCTGCCGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAAc > 2:1238592/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGCTGCCGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAAct < 2:2545933/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTGCCGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAActgc > 1:3156811/1‑150 (MQ=255) tgcCGGGAGATATGCAGCCAGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACACACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCaa > 2:2007924/1‑150 (MQ=255) ccGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATg > 1:1172489/1‑150 (MQ=255) ccGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTAAAACTGCTGGCAATg < 2:3545786/150‑1 (MQ=255) ccGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTAAAACTGCTGGCAATg < 2:2412869/150‑1 (MQ=255) gggAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGAt > 1:1303359/1‑150 (MQ=255) agaTATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCt < 1:3238310/150‑1 (MQ=255) agaTATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCt < 2:3742236/150‑1 (MQ=255) agaTATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCt < 2:51431/150‑1 (MQ=255) agaTATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCt < 2:1664711/150‑1 (MQ=255) atGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTAAAACTGCTGGCAATGATCCTCgag < 1:1169839/150‑1 (MQ=255) tGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCgaga > 1:2450848/1‑150 (MQ=255) tGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTAAAACTGCTGGCAATGATCCTCgaga > 1:1691081/1‑150 (MQ=255) gCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTCTCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGAt > 2:4570011/1‑150 (MQ=255) 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gggTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTAAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACaaa > 2:3530163/1‑150 (MQ=255) aaaCCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGa > 2:3256372/1‑150 (MQ=255) aaaCCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGa > 2:3574388/1‑150 (MQ=255) aaCCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGAt > 2:2948914/1‑150 (MQ=255) aaCCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGAt > 2:141240/1‑150 (MQ=255) 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cGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTcg < 1:3756152/150‑1 (MQ=255) cTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTcgcg < 1:139812/150‑1 (MQ=255) gATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTAAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGc < 1:687584/150‑1 (MQ=255) aTCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTAAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCa < 1:2248990/150‑1 (MQ=255) tCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTAAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCAt > 2:3624156/1‑150 (MQ=255) cccGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATc > 1:1673977/1‑150 (MQ=255) ccGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTAAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCt > 1:4265502/1‑150 (MQ=255) gATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTgccgc > 2:3147052/1‑150 (MQ=255) gATTATCGGCGGATCGATGGTAAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTgccgc > 2:2658416/1‑150 (MQ=255) tATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCAt > 1:3099391/1‑150 (MQ=255) 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aTGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAAcc < 1:3255101/150‑1 (MQ=255) aTGGTAAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAAcc > 2:4404741/1‑150 (MQ=255) | CGTCAGCCTGCTGCCGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGCCATCAAATTTAAAACC > CP009273/2833116‑2833407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |