Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,860,460 | G→T | 11.8% | R151S (CGC→AGC) | rpoS ← | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,860,460 | 0 | G | T | 11.8% | 1154.6 / 82.4 | 321 | R151S (CGC→AGC) | rpoS | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (154/129); new base T (19/19); total (173/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
CTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAACGGCGGGCAATTTTTACCACCA > CP009273/2860311‑2860609 | ctctGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCg > 2:2856834/1‑150 (MQ=255) tGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAAt < 1:18483/150‑1 (MQ=255) gATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATcca > 2:2222318/1‑150 (MQ=255) tctcTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATccacc > 2:282207/1‑150 (MQ=255) ctctTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATccacca > 2:980242/1‑150 (MQ=255) ctctTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATccacca > 2:2974678/1‑150 (MQ=255) ctTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAgg > 2:2524941/1‑150 (MQ=255) tCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGtt < 1:1778171/150‑1 (MQ=255) 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ggACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTc < 1:1707692/150‑1 (MQ=255) gACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTcc < 2:808653/150‑1 (MQ=255) aCAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCTAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCg < 1:4386584/150‑1 (MQ=255) aCAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCg > 1:946031/1‑150 (MQ=255) cAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCgg > 1:3852320/1‑150 (MQ=255) 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ggCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAACGGCGGGCAATTTTTacca > 1:3523919/1‑150 (MQ=255) gAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAACGGCGGGCAATTTTTAccacca > 1:4491155/1‑150 (MQ=255) | CTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAACGGCGGGCAATTTTTACCACCA > CP009273/2860311‑2860609 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |