Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 241,624 | G→T | 35.4% | V223V (GTC→GTA) | yafK ← | L,D‑transpeptidase‑related protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 241,624 | 0 | G | T | 35.4% | 467.6 / 273.3 | 282 | V223V (GTC→GTA) | yafK | L,D‑transpeptidase‑related protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/82); new base T (47/53); total (147/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
ATGTGGTCACGGTGATTGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCATATTGGCGTCGGTCATGCGGAACGGGTA > CP009273/241475‑241773 | atgTGGTCACGGTGATTGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTg < 1:1322339/150‑1 (MQ=255) aCGGTGATTGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTa > 2:4337498/1‑150 (MQ=255) ggTGATTGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTTACCACGTAAc > 1:147201/1‑150 (MQ=255) gTGATTGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTTACCACGTAACg < 2:392478/150‑1 (MQ=255) tGATTGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGa < 1:692874/150‑1 (MQ=255) tGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTTACCACGTAACGACCAt > 1:1761605/1‑150 (MQ=255) aaCACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTTACCACGTAACGACCATTGa > 1:990882/1‑150 (MQ=255) acacAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGAc > 1:2654381/1‑150 (MQ=255) 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cGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTTACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGtt < 2:919122/150‑1 (MQ=255) cGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGtt > 2:4048382/1‑150 (MQ=255) gggCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTTCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTtg < 1:2766547/150‑1 (MQ=255) gggCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTtg > 1:3426286/1‑150 (MQ=255) aaTGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTTACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTtggtgg < 1:3318295/150‑1 (MQ=255) 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aCCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTTACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACg < 2:1406914/150‑1 (MQ=255) ccTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACgg > 2:1155222/1‑150 (MQ=255) aaaGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCt < 1:3233584/150‑1 (MQ=255) aaGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTc < 1:3949801/150‑1 (MQ=255) aTTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTTACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCaaa < 2:85140/150‑1 (MQ=255) ttATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTTACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAag > 2:2797615/1‑150 (MQ=255) tGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAagtag < 2:3052667/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAagtagt < 2:4182710/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTc > 2:2427509/1‑150 (MQ=255) cAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTTACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCg > 1:3843758/1‑150 (MQ=255) 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aTTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTTACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGtt < 1:801355/150‑1 (MQ=255) ttttGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTg < 1:2192846/150‑1 (MQ=255) tGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTc < 1:1270726/150‑1 (MQ=255) gCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTcc > 2:576514/1‑150 (MQ=255) cTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCa > 1:3680556/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |