Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,985,884 | C→T | 89.5% | I144I (ATC→ATT) | ygeH → | putative transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,985,884 | 0 | C | T | 89.5% | 796.7 / 70.0 | 266 | I144I (ATC→ATT) | ygeH | putative transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/14); new base T (111/127); total (125/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCA > CP009273/2985735‑2986028 | ccGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTAt < 1:2318683/150‑1 (MQ=255) gAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTc < 1:667395/150‑1 (MQ=255) gAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTc < 1:667362/150‑1 (MQ=255) gAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTc > 1:482468/1‑150 (MQ=255) aaaGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCa > 1:3699924/1‑150 (MQ=255) aaaGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCa > 2:2663234/1‑150 (MQ=255) aaaGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCa < 1:2761284/150‑1 (MQ=255) aaaGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCa > 1:2509084/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |