Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,987,928 | C→A | 15.3% | pseudogene (524/633 nt) | ygeK ← | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,987,928 | 0 | C | A | 15.3% | 824.6 / 91.3 | 261 | pseudogene (524/633 nt) | ygeK | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (121/100); new base A (16/24); total (137/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-01 |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTG > CP009273/2987781‑2988077 | gTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCtt > 2:2128838/1‑150 (MQ=255) gTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCtt < 2:3264175/150‑1 (MQ=255) aaGGATTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTaa < 1:1385107/150‑1 (MQ=255) ttCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCa < 2:1585082/150‑1 (MQ=255) ttCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCa < 2:3679358/150‑1 (MQ=255) gCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGaa < 1:2090284/150‑1 (MQ=255) cAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGaaa > 2:201797/1‑150 (MQ=255) aaaTGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGaaagt > 1:2030359/1‑148 (MQ=255) aaTGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTa > 2:2494864/1‑150 (MQ=255) tGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGc > 2:2950838/1‑150 (MQ=255) gAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCg > 1:2238766/1‑150 (MQ=255) gCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGAt < 2:501244/150‑1 (MQ=255) gCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGAt < 1:163885/150‑1 (MQ=255) tAAAGCCTCTATTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGATTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTTCAAGAAATTAGCGATTNc < 2:74791/150‑1 (MQ=255) aaaGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCt < 1:3428402/150‑1 (MQ=255) ccactTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCtttgt > 1:4018124/4‑150 (MQ=255) ctctTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCtttgtt > 1:407410/1‑150 (MQ=255) tctTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTgtttgttt > 1:3298556/1‑150 (MQ=255) tctTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCtttgttt > 2:450610/1‑150 (MQ=255) tctTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCtttgttt < 2:1096583/150‑1 (MQ=255) tttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGtttt < 2:3608834/150‑1 (MQ=255) tttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGtttt < 2:4392799/150‑1 (MQ=255) ttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTa > 1:292810/1‑150 (MQ=255) tataGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATc < 2:1741266/150‑1 (MQ=255) ataGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCa < 1:567533/150‑1 (MQ=255) taGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAg < 1:877646/150‑1 (MQ=255) gTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCt < 2:614078/150‑1 (MQ=255) tGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTa < 1:1017705/150‑1 (MQ=255) cAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATg > 2:3552123/1‑150 (MQ=255) aaaCACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAATAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGa > 2:448292/1‑150 (MQ=255) aaaCACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGa < 1:1185199/150‑1 (MQ=255) aaCACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAg > 2:2769586/1‑150 (MQ=255) aaCACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAAAATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACAATCAGCTATGAg > 1:4020049/1‑150 (MQ=255) 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ttCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTATCGATTTCTTTGTTTGTTTTACAATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTTTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTac < 1:2976022/150‑1 (MQ=255) ttCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTac < 2:1211035/150‑1 (MQ=255) tCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTaca > 2:1402774/1‑150 (MQ=255) gACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACt < 1:630392/150‑1 (MQ=255) cTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTAt > 2:3939430/1‑150 (MQ=255) 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gCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAgt > 1:424706/1‑150 (MQ=255) cTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAgtg > 2:2356064/1‑150 (MQ=255) | GTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGTG > CP009273/2987781‑2988077 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |