| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,030,978 | A→T | 43.1% | L163* (TTG→TAG) | recJ ← | ssDNA exonuclease, 5' ‑‑> 3'‑specific |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,030,978 | 0 | A | T | 43.1% | 144.1 / inf | 288 | L163* (TTG→TAG) | recJ | ssDNA exonuclease, 5' ‑‑> 3'‑specific |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (81/83); new base T (77/47); total (158/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
CAAACCAGCCCTGATCGCGCAAAAAGGTGCGCAGCGCCAGCATCAGATAAAACGCCACACCCACGCCTGCCAGTGATTTCGACGGGAAATTACAGTCGCGCAAGTTAGGGTTAATGATCGCTTCCGCTGCGGGTAATGTGTCGCCTGGCAAATGGTGATCGGTAACAATAACCGGGATGCCCAACGAGCGAGCGTGCTCAACCCCCGCATGGGAGGAAATACCGTTATCCACCGTGACAATTAACTGCGCGCCACGGGCATGGGCCTGATCGACCACTTCCGGGCTTAAGCCGTAACCG > CP009273/3030829‑3031127 | caAACCAGCCCTGATCGCGCAAAAAGGTGCGCAGCGCCAGCATCAGATAAAACGCCACACCCACGCCTGCCAGTGATTTCGACGGGAAATTACAGTCGCGCAAGTTAGGGTTAATGATCGCTTCCGCTGCGGGTAATGTGTCGCCTTGCa < 2:3410936/150‑1 (MQ=255) cAGCCCTGATCGCGCAAAAAGGTGCGCAGCGCCAGCATCAGATAAAACGCCACACCCACGCCTGCCAGTGATTTCGACGGGAAATTACAGTCGCGCAAGTTAGGGTTAATGATCGCTTCCGCTGCGGGTAATGTGTCGCCTGGCTAATgg < 2:3085150/150‑1 (MQ=255) aGCCCTGATCGCGCAAAAAGGTGCGCAGCGCCAGCATCAGATAAAACGCCACACCCACGCCTGCCAGTGATTTCGACGGGAAATTACAGTCGCGCAAGTTAGGGTTAATGATCGCTTCCGCTGCGGGTAATGTGTCGCCTGGCAAATGGt < 1:3153557/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |