| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 253,769 | C→T | 15.7% | V252V (GTC→GTT) | frsA → | fermentation‑respiration switch protein; PTS Enzyme IIA(Glc)‑binding protein; pNP‑butyrate esterase activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 253,769 | 0 | C | T | 15.7% | 758.0 / 107.2 | 267 | V252V (GTC→GTT) | frsA | fermentation‑respiration switch protein; PTS Enzyme IIA(Glc)‑binding protein; pNP‑butyrate esterase activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (131/94); new base T (18/24); total (149/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.98e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCATAC > CP009273/253622‑253918 | ggATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGtttt > 1:1093995/1‑150 (MQ=255)ggATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCtt < 1:1339413/150‑1 (MQ=255)ggATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCtt < 1:201296/150‑1 (MQ=255) gatgcgatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGACTTa > 1:291875/1‑150 (MQ=255) atgcgatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTaa > 2:750372/1‑150 (MQ=255) atgcgatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTaa > 2:1049360/1‑150 (MQ=255) tgcgatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTaaa > 1:1969550/1‑150 (MQ=255) tgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGgcgc > 2:362373/1‑150 (MQ=255) cAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTg > 2:161899/1‑150 (MQ=255) aGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGc > 2:2875316/1‑150 (MQ=255) aCGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCt < 2:239156/150‑1 (MQ=255) tATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTa < 2:2682295/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTTTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCgtg < 1:2759730/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCgtg < 2:4083357/150‑1 (MQ=255) gCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTTTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCgtggg > 1:578155/1‑150 (MQ=255) ccTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTTTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCgtgggt > 1:3695192/1‑150 (MQ=255) cTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCgtgggtg > 2:2577210/1‑150 (MQ=255) tGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCgtgggtgg < 2:4309933/150‑1 (MQ=255) 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tGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCg > 2:281229/1‑150 (MQ=255) tGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATAAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCg > 2:281259/1‑150 (MQ=255) ccGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTg < 2:3892157/150‑1 (MQ=255) cGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGc < 2:2000367/150‑1 (MQ=255) cGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTTTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTc > 1:4618369/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |