| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,035,271 | G→T | 16.4% | V200V (GTG→GTT) | ygfZ → | iron‑sulfur cluster repair protein, plumbagin resistance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,035,271 | 0 | G | T | 16.4% | 814.6 / 89.2 | 252 | V200V (GTG→GTT) | ygfZ | iron‑sulfur cluster repair protein, plumbagin resistance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (105/105); new base T (20/22); total (125/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
TTGCTATGGTTTGAACACCCGGCAGAACGTTTCCTGATCGTAACCGATGAAGCTACTGCTAATATGCTGACCGATAAACTGCGCGGTGAAGCGGAACTGAACAATAGCCAACAGTGGCTGGCATTAAACATTGAAGCGGGTTTCCCGGTGATTGATGCCGCCAACAGCGGGCAGTTTATCCCACAGGCGACCAATCTCCAGGCGCTGGGCGGTATCAGCTTTAAGAAAGGCTGTTATACCGGACAAGAGATGGTGGCGCGAGCAAAATTCCGTGGTGCCAATAAACGTGCGCTCTGGTT > CP009273/3035122‑3035420 | ttGCTATGGTTTGAACACCCGGCAGAACGTTTCCTGATCGTAACCGATGAAGCTACTGCTAATATGCTGACCGATAAACTGCGCGGTGAAGCGGAACTGAACAATAGCCAACAGTGGCTGGCATTAAACATTGAAGCGGGTTTCCCGGtg > 2:4072114/1‑150 (MQ=255) cTATGGTTTGAACACCCGGCAGAACGTTTCCTGATCGTAACCGATGAAGCTACTGCTAATATGCTGACCGATAAACTGCGCGGTGAAGCGGAACTGAACAATAGCCAACAGTGGCTGGCATTAAACATTGAAGCGGGTTTCCCGGtgatt < 2:738993/150‑1 (MQ=255) tGGTTTGAACACCCGGCAGAACGTTTCCTGATCGTAACCGATGAAGCTACTGCTAATATGCTGACCGATAAACTGCGCGGTGAAGCGGAACTGAACAATAGCCAACAGTGGCTGGCATTAAACATTGAAGCGGGTTTCCCGGtgattgat < 2:1347223/150‑1 (MQ=255) 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tgattgatGCCGCCAACAGCGGGCAGTTTATCCCACAGGCGACCAATCTCCAGGCGCTGGGCGGTATCAGCTTTAAGAAAGGCTGTTATACCGGACAAGAGATGGTGGCGCGAGCAAAATTCCGTGGTGCCAATAAACGTGCGCTCTGGt < 1:4467978/150‑1 (MQ=255) gattgatGCCGCCAACAGCGGGCAGTTTATCCCACAGGCGACCAATCTCCAGGCGCTGGGCGGTATCAGCTTTAAGAAAGGCTGTTATACCGGACAAGAGATGGTGGCGCGAGCAAAATTCCGTGGTGCCAATAAACGTGCGCTCTGGtt < 1:2595355/150‑1 (MQ=255) | TTGCTATGGTTTGAACACCCGGCAGAACGTTTCCTGATCGTAACCGATGAAGCTACTGCTAATATGCTGACCGATAAACTGCGCGGTGAAGCGGAACTGAACAATAGCCAACAGTGGCTGGCATTAAACATTGAAGCGGGTTTCCCGGTGATTGATGCCGCCAACAGCGGGCAGTTTATCCCACAGGCGACCAATCTCCAGGCGCTGGGCGGTATCAGCTTTAAGAAAGGCTGTTATACCGGACAAGAGATGGTGGCGCGAGCAAAATTCCGTGGTGCCAATAAACGTGCGCTCTGGTT > CP009273/3035122‑3035420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |