| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,059,577 | G→T | 64.4% | D473Y (GAT→TAT) | scpC → | propionyl‑CoA:succinate CoA transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,059,577 | 0 | G | T | 64.4% | 194.6 / inf | 290 | D473Y (GAT→TAT) | scpC | propionyl‑CoA:succinate CoA transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/50); new base T (86/100); total (139/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGATCTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTG > CP009273/3059431‑3059725 | tcatcaCCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACTATc < 2:1223082/150‑1 (MQ=255)tcatcaCCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACTATc < 2:1292841/150‑1 (MQ=255)tcatcaCCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGAGAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATc > 2:1353662/1‑150 (MQ=255) aCCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACTATCTTAGc > 1:4500273/1‑150 (MQ=255) aCCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGc < 1:333639/150‑1 (MQ=255) cGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACTATCTTAGCCa > 1:2630236/1‑150 (MQ=255) cGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACTATCTTAGCCa > 2:2286292/1‑150 (MQ=255) gAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACTATCTTAGCCAc > 2:1575782/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |