| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,068,854 | C→A | 19.1% | E230* (GAG→TAG) | yggF ← | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,068,854 | 0 | C | A | 19.1% | 878.1 / 131.9 | 291 | E230* (GAG→TAG) | yggF | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (131/104); new base A (36/20); total (167/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
AAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAA > CP009273/3068705‑3069003 | aaGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCg > 1:2613710/1‑150 (MQ=255) agagGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCgg > 1:4206580/1‑150 (MQ=255) agagGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCgg > 2:4214211/1‑150 (MQ=255) 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cTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCt < 1:4138408/150‑1 (MQ=255) cTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTAGGCCTGCATATCCCCGCCt < 1:3107357/150‑1 (MQ=255) cACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTaa > 2:1796403/1‑150 (MQ=255) cACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTaa < 2:1128448/150‑1 (MQ=255) aCCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTAGGCCTGCATATCCCCGCCTAAt > 1:964420/1‑150 (MQ=255) 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tGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGCAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCg > 1:1732178/1‑150 (MQ=255) ggCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGc > 2:2967772/1‑150 (MQ=255) cAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCa > 2:2317285/1‑150 (MQ=255) aaGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATcc < 2:3234456/150‑1 (MQ=255) aGTCAATCAGCTAGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCg < 1:1880670/150‑1 (MQ=255) cAATCAGCTAGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCa > 2:901093/1‑150 (MQ=255) aTCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAgg < 1:2792088/150‑1 (MQ=255) tCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAggg > 1:4590198/1‑150 (MQ=255) tCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAggg < 1:2038622/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGc < 1:554708/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGc < 2:2450636/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCaaa < 1:3160777/150‑1 (MQ=255) | AAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAA > CP009273/3068705‑3069003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |