| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,089,392 | C→A | 14.8% | L72I (CTC→ATC) | yggT → | putative inner membrane protein; compensates for loss in K+ uptake |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,089,392 | 0 | C | A | 14.8% | 1031.2 / 101.3 | 313 | L72I (CTC→ATC) | yggT | putative inner membrane protein; compensates for loss in K+ uptake |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (141/125); new base A (25/22); total (166/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
GCATCTGGATGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAG > CP009273/3089243‑3089541 | gCATCTGGATGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATtc < 2:2052105/150‑1 (MQ=255) cATCTGGATGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATtct > 1:2017857/1‑150 (MQ=255) tCTGGATGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCa < 1:3640231/150‑1 (MQ=255) tCTGGATGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCa < 1:922738/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAg > 1:2314677/1‑150 (MQ=255) cTGGATGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAg < 2:3424038/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAg > 1:2498689/1‑150 (MQ=255) aTGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTATCAGtttt > 1:1007427/1‑150 (MQ=255) gCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGTGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTAt < 2:1553497/150‑1 (MQ=255) aGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCa > 2:2807057/1‑150 (MQ=255) gTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCaa < 2:4148823/150‑1 (MQ=255) tGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCaaa < 2:634441/150‑1 (MQ=255) ggCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAGCGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGc < 1:534413/150‑1 (MQ=255) cATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATc < 2:4212452/150‑1 (MQ=255) cATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATc < 2:3944822/150‑1 (MQ=255) aTTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCg < 1:2741541/150‑1 (MQ=255) gtgATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGc > 2:2951434/1‑150 (MQ=255) tgATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCt > 1:458442/1‑150 (MQ=255) gATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTg > 2:1723789/1‑150 (MQ=255) gATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTg > 2:4317005/1‑150 (MQ=255) aTTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGt > 1:2071089/1‑150 (MQ=255) aTTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGt > 1:3160715/1‑150 (MQ=255) aCAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAg > 1:988905/1‑150 (MQ=255) aaCCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAgtg > 2:2882095/1‑150 (MQ=255) aCCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAgtgg > 2:3984259/1‑150 (MQ=255) aCCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAgtgg > 2:2307919/1‑150 (MQ=255) cccTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAgtggtg > 1:1071234/1‑150 (MQ=255) ttCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTATCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGAcc < 2:3711801/150‑1 (MQ=255) ctcACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCta > 2:2188203/1‑149 (MQ=255) tcACAGTTTGTAGTGAAGGTAACTCAGACAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTc < 2:3725512/150‑1 (MQ=255) cacaGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTcc > 2:2718634/1‑150 (MQ=255) cacaGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTcc > 2:2803752/1‑150 (MQ=255) acaGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCt < 1:3479212/150‑1 (MQ=255) 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tgGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCTGCCTGCTGATTTTCTTTGTCCTGCTGGTGATGGCGATTAtta > 2:1374470/1‑148 (MQ=255) gCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTgg < 1:1832247/150‑1 (MQ=255) atatTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTaa < 1:3125230/150‑1 (MQ=255) tattatCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAg < 1:3932944/150‑1 (MQ=255) tatTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAg < 1:3430370/150‑1 (MQ=255) 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ctcAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAg > 1:324914/1‑150 (MQ=255) ctcAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAg > 1:4592567/1‑150 (MQ=255) | GCATCTGGATGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCACAGTTTGTAGTGAAGGTAACGCAGCCAATTATCGGGCCACTGCGCCGCGTTATTCCGGCAATGGGGCCAATTGACAGCGCCTCGCTGCTGGTTGCCTATATTCTCAGTTTTATCAAAGCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAG > CP009273/3089243‑3089541 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |