| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,147,360 | G→T | 9.8% | G147C (GGT→TGT) | yghB → | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,147,360 | 0 | G | T | 9.8% | 857.9 / 38.3 | 233 | G147C (GGT→TGT) | yghB | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (94/114); new base T (13/12); total (107/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
AAACGGTGAAAGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGATTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATGCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCA > CP009273/3147211‑3147509 | aaCGGTGAAAGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCgg > 2:3680786/1‑150 (MQ=255) aaCGGTGAAAGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCgg > 1:998920/1‑150 (MQ=255) aCGGTGAAAGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGt < 1:2552075/150‑1 (MQ=255) ggTGAAAGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCTGTCt < 1:3746322/150‑1 (MQ=255) ggTGAAAGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCt < 2:3457993/150‑1 (MQ=255) gAAAGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCAGTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGcc > 1:107177/1‑150 (MQ=255) aaaGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCa < 2:4167069/150‑1 (MQ=255) aaaGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCa > 1:658403/1‑150 (MQ=255) aaaGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCa > 1:2730827/1‑150 (MQ=255) aaaGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTACCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCa < 2:502989/150‑1 (MQ=255) ggctggctGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAAc > 1:4391834/1‑150 (MQ=255) ggctggcACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAAccgcc > 2:2616722/1‑150 (MQ=255) ggctggcACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAAccgcc < 1:2593767/150‑1 (MQ=255) tggcACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCt < 2:2891015/150‑1 (MQ=255) ggcACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCtt < 2:1951574/150‑1 (MQ=255) acaGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCa < 2:112346/150‑1 (MQ=255) gCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCTGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGtt > 1:1451855/1‑150 (MQ=255) gCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGtt < 1:2389641/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGtttt < 2:150156/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGtttt < 1:3744870/150‑1 (MQ=255) tGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCaa < 2:68304/150‑1 (MQ=255) gCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAAc < 1:872935/150‑1 (MQ=255) gCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAAc < 2:2778535/150‑1 (MQ=255) cTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACt < 2:1318976/150‑1 (MQ=255) aaTATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGt > 1:1481054/1‑150 (MQ=255) aaTATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGt > 2:2087210/1‑150 (MQ=255) tatCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCTGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTa < 2:3965728/150‑1 (MQ=255) atCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCTGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTaa > 2:3909535/1‑150 (MQ=255) atCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTaa < 2:4578674/150‑1 (MQ=255) aCCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTg > 1:2991805/1‑150 (MQ=255) aCCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTg > 1:3895986/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTgg < 2:2036891/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTgg > 2:1801227/1‑150 (MQ=255) gcgcgcCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGAtt > 2:2971234/1‑150 (MQ=255) gcgcgcCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGAtt < 2:3945875/150‑1 (MQ=255) gcgcCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCTGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGATTGc < 2:4091545/150‑1 (MQ=255) gcgcCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGATTGc < 1:3192109/150‑1 (MQ=255) gcCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGATTGCtg > 2:1378855/1‑150 (MQ=255) 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tgctgcCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGATTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATGCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAgg < 1:3427124/150‑1 (MQ=255) gctgcCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGATTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATGCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGt < 1:497457/150‑1 (MQ=255) tgcCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGATTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATGCCTTAAGTATGATTACGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGtca > 2:881306/1‑148 (MQ=255) gcCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGATTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATGCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAAt < 2:1927382/150‑1 (MQ=255) ccAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGGTAAGTGGATTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTCTGCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATg > 1:2368657/1‑150 (MQ=255) 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tttCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGATTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATGCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATcc < 1:3301934/150‑1 (MQ=255) ggTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGATTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATGCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCa > 2:1752322/1‑150 (MQ=255) | AAACGGTGAAAGGCTGGCTGGCACAGCTTCCTGCTAAATATCACCAGCGCGCCACCTGCATGTTTGACCGCCACGGTCTGCTGGCGCTGCTGGCTGGACGTTTTCTTGCATTTGTCCGTACGCTGCTGCCAACCATGGCGGGAATTTCCGGTCTGCCAAACCGCCGCTTCCAGTTTTTCAACTGGTTAAGTGGATTGCTGTGGGTCAGCGTGGTAACCAGTTTTGGCTATGCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCA > CP009273/3147211‑3147509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |