| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,164,049 | G→T | 16.8% | M69I (ATG→ATT) | qseC → | quorum sensing sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,164,049 | 0 | G | T | 16.8% | 868.1 / 105.5 | 276 | M69I (ATG→ATT) | qseC | quorum sensing sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (120/109); new base T (27/20); total (147/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GGCCTCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGA > CP009273/3163902‑3164198 | ggCCTCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGc > 1:351711/1‑150 (MQ=255)ggCCTCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGc > 2:463637/1‑150 (MQ=255) ccTCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGcac > 2:2825441/1‑150 (MQ=255) ccTCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGcac < 1:4476810/150‑1 (MQ=255) tCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAg < 1:626553/150‑1 (MQ=255) cGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGa > 1:3379631/1‑150 (MQ=255) ggTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGAc > 2:3119324/1‑150 (MQ=255) gTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACg < 1:2865562/150‑1 (MQ=255) gTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACg < 1:943354/150‑1 (MQ=255) tGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGc > 1:4143804/1‑150 (MQ=255) aCCTGGCTGCTTTCCATCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCa < 2:14920/150‑1 (MQ=255) aCCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCa < 1:1660333/150‑1 (MQ=255) aCCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCa < 2:1347984/150‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCaaa > 2:2769366/1‑150 (MQ=255) cTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCaaa > 2:2138065/1‑150 (MQ=255) tGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAAt > 1:1315343/1‑150 (MQ=255) gctgctTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAg < 2:498525/150‑1 (MQ=255) gccgctTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAg < 2:3236936/147‑1 (MQ=255) 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gCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGtt < 1:1664889/150‑1 (MQ=255) ggAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTtgatg > 2:3778881/1‑150 (MQ=255) ggAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTtgatg < 1:2488881/150‑1 (MQ=255) aaacaaacAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGAc > 1:3426734/1‑150 (MQ=255) aaacaaCGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCCCAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATg > 2:1073642/1‑150 (MQ=255) aaacaaCGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATg > 2:1073297/1‑150 (MQ=255) aacGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCt > 2:2565112/1‑150 (MQ=255) aacGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCt < 1:4016406/150‑1 (MQ=255) cGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGa < 1:1744666/150‑1 (MQ=255) ggATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGAc > 2:1174308/1‑150 (MQ=255) 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aTCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTAt > 1:4058216/1‑150 (MQ=255) tCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATc < 2:3949640/150‑1 (MQ=255) cAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCa < 2:4534066/150‑1 (MQ=255) cAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCa < 2:1625206/150‑1 (MQ=255) ggcggATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGa > 1:2606499/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |