| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 270,864 | G→T | 35.5% | intergenic (‑36/‑172) | insH1 ← / → mmuP | IS5 transposase and trans‑activator/CP4‑6 prophage; putative S‑methylmethionine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 270,864 | 0 | G | T | 35.5% | 484.4 / 290.1 | 295 | intergenic (‑36/‑172) | insH1/mmuP | IS5 transposase and trans‑activator/CP4‑6 prophage; putative S‑methylmethionine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (90/100); new base T (49/56); total (139/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
GGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCGGAGGCGTTATGAGCTGGCGGCCCTTTTTGTATCTGATTATTAATCCCCACCCGCTATTAAGCGCCCGGCGCGGGCATCTGCGTCTGGTGCAGGGTTGACTTTGCATTCTGTTAACAAACGCGGTATAACAAACCTTCTTTGGATGTTTAGAT > CP009273/270715‑271013 | gACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCGGAgg < 2:138655/150‑1 (MQ=33) aaGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCGGATGCGt > 2:3951152/1‑150 (MQ=18) aaGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCGGAGGCGt > 2:923345/1‑150 (MQ=35) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |