| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,231,349 | A→C | 91.7% | Q227P (CAG→CCG) | ygjR → | putative NAD(P)‑dependent dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,231,349 | 0 | A | C | 91.7% | 949.9 / 39.8 | 252 | Q227P (CAG→CCG) | ygjR | putative NAD(P)‑dependent dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/8); new base C (108/123); total (121/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GATATCGGTTTTTACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCAT > CP009273/3231204‑3231494 | gATATCGGTTTTTACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCAc > 2:4125745/1‑150 (MQ=255) ggTTTTTACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCaaaa > 2:1393001/1‑150 (MQ=255) gTTTTTACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAg < 1:2210524/150‑1 (MQ=255) tACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGt > 2:3717943/1‑150 (MQ=255) tACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGt < 2:1802070/150‑1 (MQ=255) tACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGt > 2:4605289/1‑150 (MQ=255) tACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGCGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGt < 2:2118690/150‑1 (MQ=255) aCTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTg > 1:3360395/1‑150 (MQ=255) tGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGAt < 2:3482877/150‑1 (MQ=255) gTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGAtt < 1:1308192/150‑1 (MQ=255) gTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGAtt < 1:3856312/150‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCt < 2:1752623/150‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCt < 2:3055106/150‑1 (MQ=255) tGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTg > 2:1951374/1‑150 (MQ=255) ggCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGt < 2:1330458/150‑1 (MQ=255) gCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGATAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTc < 1:929744/150‑1 (MQ=255) gTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCt < 2:1002897/150‑1 (MQ=255) cggcggTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTgg < 2:1766788/150‑1 (MQ=255) 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aCGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCt < 1:1820155/150‑1 (MQ=255) aCGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCt < 1:654729/150‑1 (MQ=255) gCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTc < 2:891993/150‑1 (MQ=255) gggCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGcc < 2:1429045/150‑1 (MQ=255) ggCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCcg > 1:2061026/1‑150 (MQ=255) 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aTTACTGTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGAGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGAGGCAGCCAAATGc > 2:3133634/1‑150 (MQ=255) ggTGATTTCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGAt > 2:3457163/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCAcc < 2:2755490/150‑1 (MQ=255) ttCAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCAcc > 2:3916565/1‑150 (MQ=255) cAGCGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCa < 2:4303260/150‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGcc < 2:3112639/150‑1 (MQ=255) cGTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGcc > 2:1626725/1‑150 (MQ=255) cGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGcc < 2:2389774/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCg < 2:275/150‑1 (MQ=255) cACCTTGCCGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCgca < 2:207130/150‑1 (MQ=255) cACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCgca > 2:638339/1‑150 (MQ=255) ttGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCat < 2:3842452/150‑1 (MQ=255) | GATATCGGTTTTTACTGTCTGGCGTCGGCGGTGGCGTTATTTGGTGAGCCGAAAAGCGTGCAGGCAACCGCCAGTTTGCTGGCAAGCGGCGTTGACGCCCAGGGCGTGGTGGTGATGGATTACGGTGATTTCAGCGTCACCTTGCAGCACTCAAAAGTCAGTGATTCTGTCCTGGCGAGCGAGATTCAGGGCGAAGCAGGATCGCTGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCAT > CP009273/3231204‑3231494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |