| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,260,550 | 0 | C | T | 11.4% | 917.2 / 73.4 | 291 | intergenic (‑126/‑189) | tdcA/tdcR | tdc operon transcriptional activator/L‑threonine dehydratase operon activator protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (133/123); new base T (20/13); total (155/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAA > CP009273/3260401‑3260699 | tttCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATAc < 2:3756470/150‑1 (MQ=255) tCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCt > 2:1436037/1‑150 (MQ=255) cGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCtt < 1:3221602/150‑1 (MQ=255) aagaagaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTaa < 1:2963047/150‑1 (MQ=255) agaagaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTaaa > 2:3437326/1‑150 (MQ=255) agaagaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTaaa < 2:4563135/150‑1 (MQ=255) agaagaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTaaa < 2:4522437/150‑1 (MQ=255) gaagaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAat < 1:3375367/150‑1 (MQ=255) agaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATATCTTTAAatat < 1:4271768/150‑1 (MQ=255) agaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAatat > 1:1706832/1‑150 (MQ=255) agaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAatat < 2:1175544/150‑1 (MQ=255) agaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAatat > 1:3860318/1‑150 (MQ=255) aTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATcaa < 1:1046915/150‑1 (MQ=255) 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tAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAg > 1:144382/1‑150 (MQ=255) tAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAg < 2:697425/150‑1 (MQ=255) aaCGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGt < 2:2005298/150‑1 (MQ=255) aaCGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGt > 2:1123195/1‑150 (MQ=255) aCGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGta < 1:3256274/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |