| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1734949 | 274 (0.980) | 3 (0.010) | 3/256 | NT | 1.1% | coding (782/1212 nt) | ydhC | putative arabinose efflux transporter |
| ? | CP009273 | 1735166 = | 285 (1.100) | coding (999/1212 nt) | ydhC | putative arabinose efflux transporter | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
ACGCAGCCTGTTCAGCCAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTGATGGCGATTGCCAAT > CP009273/1734802‑1735097 | aCGCAGCCTGTTCAGCCAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTcgcgccgcg > 1:2063605/1‑149 (MQ=255)aCGCAGCCTGTTCAGCCAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTcgcgccgcg > 1:2360071/1‑149 (MQ=255) cAGCCTGTTCAGCCAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTg < 2:158633/149‑1 (MQ=255) tGTTCAGCCAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGaa < 1:1472046/149‑1 (MQ=255) gTTCAGCCAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGaaa > 2:933561/1‑149 (MQ=255) gTTCAGCCAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGaaa > 2:1421352/1‑149 (MQ=255) aGCCAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATggc > 2:209154/1‑149 (MQ=255) gCCAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATggca > 2:4072685/1‑149 (MQ=255) gCCAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATggca > 2:1685663/1‑149 (MQ=255) gCCAGTTTTATTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCAACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAATTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATGGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAAAggca > 1:944558/1‑149 (MQ=255) cAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGTCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATggcaag > 1:816096/1‑149 (MQ=255) aGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTCTCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATggcaagg > 1:3865165/1‑149 (MQ=255) aGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATggcaagg < 2:3491536/149‑1 (MQ=255) gTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATggcaaggc < 1:4046299/149‑1 (MQ=255) tttGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCACACTATCGCGTTTCTGATGGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCa > 2:4394234/1‑149 (MQ=255) tGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGt < 1:1105436/149‑1 (MQ=255) aTGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGttat > 2:3563082/1‑149 (MQ=255) tGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGttatt > 1:3755230/1‑149 (MQ=255) 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cTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGAt < 1:4488174/149‑1 (MQ=255) tGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAAAGGCAAGTCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGATTGCTGTCATCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATc > 1:917347/1‑149 (MQ=255) gATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATcc > 1:216567/1‑149 (MQ=255) gATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATcc < 2:1384481/149‑1 (MQ=255) ttGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCa > 1:1864166/1‑149 (MQ=255) tggtggTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCAt > 2:2145147/1‑149 (MQ=255) gtggtTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTc > 1:3707571/1‑149 (MQ=255) gtggtTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTc < 2:1006283/149‑1 (MQ=255) gtggtTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTGTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTc < 2:2557738/149‑1 (MQ=255) ggtTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCtg < 2:2905933/149‑1 (MQ=255) 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tCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTGATGGCGa < 1:2339041/149‑1 (MQ=255) gcgcCGCagcgttgcagaacactcttcaactgggtctgtgcttcctcgcaagtctggtagtttcctggctgatcagtatcagcacgccattgctcaccaccaccagcgtgatgttatcaacagtagtgctggtcgcgctgggttacatg < 1:3496420‑M1/149‑143 (MQ=255) cgccgcagcgttgcagaacactcttcaactgggtctgtgcttcctcgcaagtctggtagtttcctggctgatcagtatcagcacgccattgctcaccaccaccagcgtgatgttatcaacagtagtgctggtcgcgctgggttacatga < 2:1868389‑M1/149‑144 (MQ=255) cgccgcagcgttgcagaacactcttcaactgggtctgtgcttcctcgcaagtctggtagtttcctggctgatcagtatcagcacgccattgctcaccaccaccagcgtgatgttatcaacagtagtgctggtcgcgctgggttacatga < 2:4258739‑M1/149‑144 (MQ=255) cgccgcagcgttgcagaacactcttcaactgggtctgtgcttcctcgcaagtctggtagtttcctggctgatcagtatcagcacgccattgctcaccaccaccagcgtgatgttatcaacagtagtgctggtcgcgctgggttacatga < 2:1022646‑M1/149‑144 (MQ=255) cgccgcagcgttgcagaacactcttcaactgggtctgtgcttcctcgcaagtctggtagtttcctggctgatcagtatcagcacgccattgctcaccaccaccagcgtgatgttatcaacagtagtgctggtcgcgctgggttacatga < 2:4781281‑M1/149‑144 (MQ=255) gccgcagcgttgcagaacactcttcaactgggtctgtgcttcctcgcaagtctggtagtttcctggctgatcagtatcagcacgccattgctcaccaccaccagcgtgatgttatcaacagtagtgctggtcgcgctgggttacatgat > 1:1951985‑M1/1‑5 (MQ=255) gccgcagcgttgcagaacactcttcaactgggtctgtgcttcctcgcaagtctggtagtttcctggctgatcagtatcagcacgccattgctcaccaccaccagcgtgatgttatcaacagtagtgctggtcgcgctgggttacatgat < 2:762519‑M1/149‑145 (MQ=255) ccgcgcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTGATGGCGATTGcc < 2:1235957/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTGATGGCGATTGCCaa < 1:2182592/149‑1 (MQ=255) cgcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTGATGGCGATTGCCAAt < 2:1485565/149‑1 (MQ=255) cgcTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTGATGGCGATTGCCAAt > 1:690995/1‑149 (MQ=255) | ACGCAGCCTGTTCAGCCAGTTTTTTTGCATGGCTGACCGGTTCACCGTTCATCCTTAGTGAAATGGGCTACAGCCCGGCAGTTATTGGTTTAAGTTATGTCCCGCAAACTATCGCGTTTCTGATTGGTGGTTATGGCTGTCGCGCCGCGCTGCAGAAATGGCAAGGCAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGGTCGAAATCCTGATCCCATTCTGTGTGATGGCGATTGCCAAT > CP009273/1734802‑1735097 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |