| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,312,055 | C→A | 31.6% | G20G (GGC→GGA) | argG → | argininosuccinate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,312,055 | 0 | C | A | 31.6% | 476.8 / 220.1 | 265 | G20G (GGC→GGA) | argG | argininosuccinate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (112/69); new base A (38/46); total (150/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCATATACTGCAAACCTGGGCCAGCCAGACGAAGAGGATTATGATGCGATCCCTCGTCGTGCCATGGAATACGGCGCGGAGAACGCACGTC > CP009273/3311907‑3312203 | aaTGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCCAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGt > 2:3499649/1‑149 (MQ=255) aaTGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCAGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGt > 2:1886322/1‑149 (MQ=255) aTGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTc > 1:2602232/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |