| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,385,505 | A→C | 11.8% | intergenic (‑118/+312) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,385,505 | 0 | A | C | 11.8% | 573.1 / 7.2 | 270 | intergenic (‑118/+312) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (162/57); new base C (2/38); total (165/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.81e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
GCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGG > CP009273/3385357‑3385653 | gCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGcaca > 1:2711684/1‑149 (MQ=255) cAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAg < 1:2547040/149‑1 (MQ=255) cAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGGTAGTTACTGCAGGAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAg > 2:3687224/1‑149 (MQ=255) gTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg > 1:579558/1‑149 (MQ=255) gTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGAAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATTAGGCGTGAACGCCCAATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGACg > 1:1654097/1‑149 (MQ=38) cACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGACGCaa > 1:2222281/1‑148 (MQ=255) aCTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCaac > 1:367870/1‑147 (MQ=255) aCTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc > 1:2760093/1‑149 (MQ=255) aCTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc > 1:815050/1‑149 (MQ=255) aCTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCAGGTTA‑GTAGGCCTGATAAGACGCAAAGCGTCGCATc > 2:1328143/1‑149 (MQ=255) ttACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 2:3099166/149‑1 (MQ=255) aCCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGc < 1:3565878/149‑1 (MQ=255) aCCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGc > 1:2461176/1‑149 (MQ=255) cAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCaa > 1:3278430/1‑149 (MQ=255) aGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc < 1:1942576/149‑1 (MQ=255) aGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc < 1:2025965/149‑1 (MQ=255) ttAAGACTCATGTTTTTTGCTACTCGTTTTTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc < 1:3916316/149‑1 (MQ=25) ttAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTCGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc < 2:2187582/149‑1 (MQ=255) aaGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGAATGATAAGACGCACAGCGTCGCAACAGGCAAccacag > 1:2463600/1‑144 (MQ=255) aaGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCAGGATA‑GTAGGAAAGATAAGACGCACATCTTCACAACAGTCAAcaacat > 1:325727/1‑144 (MQ=25) tCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTAGTGCAGTAGTGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGTTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGGGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGa < 2:3874107/149‑1 (MQ=25) tCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGa > 2:2999376/1‑149 (MQ=255) tCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGa > 2:4494398/1‑149 (MQ=255) cATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGAt > 1:1054448/1‑149 (MQ=255) aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATg > 2:4682992/1‑149 (MQ=255) tttGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCGGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTCCGGTTTTGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGt < 2:716778/149‑1 (MQ=255) ttGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTa > 1:3051661/1‑149 (MQ=255) gCTACTCGTGTGTTACGGCTGTAGCGGATTTTTTACGGCGGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTGGGTCGGGTTT‑GTCGGCCTGATAAGCCGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTaaa < 2:4193641/149‑1 (MQ=18) cTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAATACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGcc > 2:582580/1‑149 (MQ=255) tcttttgttaGTGCAGTCGTGTATTTTTTACGGCTGCCGGAGGCGGCGTGACCGCCCTATCCAGCCTCCGGTTTTGTTCCGGTTT‑TTTGGCCTGATAACCCGCACAGCGTCGAATCAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCt < 1:2372240/143‑1 (MQ=18) ttagttaCTGCTGTAGTGTATTTTTTCCGGCTGCGGGTTGCGGCGTTAACGCCCTACCCACCATACGGTTATGTTCGGGTTT‑GTCGGCCTGATAACACGCACCGCGTCGAATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 2:4411279/149‑1 (MQ=17) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 1:3020224/1‑149 (MQ=255) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 1:2598374/1‑149 (MQ=255) tagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTCAACGCCTTATc > 2:2840880/1‑149 (MQ=255) ttaCTGCAGTAGCGTTTTTTTTCCGGCTGCCGGCGGCGGCGTGACCGCCCTATCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTT‑GTTGGCCTTATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGa < 1:2584909/149‑1 (MQ=18) ctgctgTTGTGGTTTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTTAACGCCCTATCCAGCCTCCGTTTTTGTGCGGTTTT‑TTCGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt < 1:739995/149‑1 (MQ=17) gTAGAGTATTTTTGACGGCGGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTACCCCGCCTAGGGTTATGTTCCGTTTT‑TTAGGCCTGATAACACGCACAGCGGCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt < 1:1136293/149‑1 (MQ=17) ttgcttaTTTTTTCGGGCTGCCGTTTGGGGCTTGAACGCCCTATCCACCCTCCGGTTTTGTTCGGGTTT‑GTCGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCTTATGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 1:373227/143‑1 (MQ=17) tattgtaTTTTTTTCGGCGGCCGGTGGCGGCGTCAACCCCCTAACCCGCCTACGTTTTTGTTCGGTTTT‑GTAGGCATTATAACACCCACAGCGTCGCATCAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 1:4483647/143‑1 (MQ=14) gagGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTTGGCCTGATAAGACGCACTGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGTTGCGGCGGAAACGCCTTCTCCGACCGACGGGTAt > 1:3467125/1‑149 (MQ=18) agGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTGATg > 1:4415965/1‑149 (MQ=255) ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCGGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCAGACCTACTGTTATGTTcc > 1:818951/1‑149 (MQ=255) ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGGTATGTTcc > 1:2903084/1‑149 (MQ=255) tttcgggcggcGGGTTGCGGCGTGACCGCCCTACCCCGCCTCCGGTTTTGTGCGGTTTT‑GTGGGCCTTATAAGCCGCACCGCGTCCAATCAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑tt < 1:4205027/144‑1 (MQ=9) ttcgggCTGCGGGTGGGGGCGTTAACGCCCTATCCCGCCTCGGTTTATGTGCGGGTTT‑GTCGGCCTGATAAGACGCACCGGGTCGCATCAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑ttt < 1:1751192/145‑1 (MQ=14) tACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTTGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTg < 2:2891675/149‑1 (MQ=255) ggCTGCGGGTTGGGGCTTTAACGCCCTATCCAGCCTAGTTTTATGTTCGTTTTT‑GTCGGCATTATAAGACGCACCGCGTCGCATCCGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAg < 1:3665015/149‑1 (MQ=14) ggCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCTGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAg < 2:3108739/149‑1 (MQ=255) ggCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGTTAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGGCGGATGAGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑GTTGTAg > 2:3011673/1‑149 (MQ=255) ggCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTCCGGTTATGTTCCG‑TTTGTAg > 2:2227448/1‑149 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCATACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAATCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTGCCG‑TTTGTACGCCt > 2:2741815/1‑149 (MQ=255) cggtggcggcgTGAACGCCCTACCCCGCCTCGGTTTTTGTTCGGGTTT‑GTTGGCCGTATACGACCCCCCGCGCCGCAACCGCCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGa < 1:825991/144‑1 (MQ=9) ggATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TGTGTAGGCCTgtt > 2:1055472/1‑147 (MQ=255) ggATGCGGCGTCAACGCCCTATCCAGCATACGGTTTTGTTCGGTTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCACCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGAt < 1:4668097/149‑1 (MQ=14) gATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATa > 1:4333769/1‑149 (MQ=255) gATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAGCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATa > 1:1274758/1‑149 (MQ=255) cggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGAc < 2:3436049/149‑1 (MQ=255) gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGc < 2:1977282/149‑1 (MQ=255) cgTGAACCCCCTACCCAGCCTAGGTTTTTGTGCCGTTTT‑GTCGGCCTTATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 1:1386142/149‑1 (MQ=14) gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGcac > 1:4771984/1‑149 (MQ=255) tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca > 2:1231876/1‑149 (MQ=255) tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca > 2:1736810/1‑149 (MQ=255) gAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAATACGCACAg > 1:95479/1‑149 (MQ=255) gAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAg > 1:181079/1‑149 (MQ=255) gCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAATACGCACAGCGTc > 1:1280616/1‑149 (MQ=255) ccTATCCAGCCTAGGGTTATGGTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATACGCCGCACCGCGTCGCTTCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGc < 2:3956644/149‑1 (MQ=14) ccTATCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGc < 2:881073/149‑1 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGc < 2:3270146/149‑1 (MQ=255) ccTATCAAGCCTACGGTTTTGTTCCGGTTT‑GTAGGACTGATATGACGAACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGc < 2:1567371/149‑1 (MQ=14) cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCa > 2:910957/1‑149 (MQ=255) cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATCAGACGCACAGCGTCGCa > 2:323412/1‑149 (MQ=255) tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCATATCCGACCTACGGTTATGTTCAG‑GATGTATGCCTCGTAAGACCACCAGCCTCACATCa > 1:2890466/1‑149 (MQ=11) aGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGc > 1:1192549/1‑149 (MQ=38) aGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGc > 1:1719525/1‑149 (MQ=38) ccTCCGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGGCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCaa < 2:1781752/149‑1 (MQ=255) cTAGGGTTTTGTTCGGTTTT‑GTAGGCCTTATAAGACGCACTGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc < 1:4576141/149‑1 (MQ=11) cTACGGTTATGTTCGGGTTT‑GTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc < 2:1640478/149‑1 (MQ=255) cTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCATATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGAGACGCATCAGGCAAc > 1:3399357/1‑149 (MQ=255) tACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg > 1:1559686/1‑149 (MQ=37) tACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg > 1:2797608/1‑149 (MQ=37) ggtttttGTTCGGGTTT‑GTAGGCCTTATAAGACGCACCGCGTCACATCAGGCAAGGGCTGTCGGATGCGGCTTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc < 1:1537875/143‑1 (MQ=11) cgtttttGTTCCGTTTT‑TTAGGCCTTTAAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGTTTATGTGCGG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGc < 2:4113188/143‑1 (MQ=11) ggTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCA‑TGTGTACGCCTGATAACACGCACCGCCTCGCATCTGGCAACGGCt > 1:1437372/1‑149 (MQ=11) gtATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGc > 1:345203/2‑149 (MQ=37) ttCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAt > 2:1882105/1‑149 (MQ=35) tCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 2:1748729/41‑1 (MQ=40) tCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg > 1:1748913/1‑41 (MQ=40) gccGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCCACGGCTGCCGGATg > 1:3340434/2‑149 (MQ=21) ccGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATGTTCAG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCTTCAGGCCACGGCTGCCGGATgc > 1:3781018/1‑149 (MQ=255) cGGTTTGGTTGGCCTGTTAAGACGCACAGCGTCGCATTGGGCACCGGCTGTGGGAGGGGGCGTAAACGCCTTACCCGACCTACGGTTTTGTTCCG‑TTTGTCGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgc < 2:2363223/149‑1 (MQ=11) gTTG‑GTCGGCCTGATATGACGCCCCGGGGCGCAGCTGGCAACGGCTGTCGGAGGCGGCTTAACCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATACGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgcggc < 2:3591868/149‑1 (MQ=11) ttt‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGCCGGATgcggcg > 2:1471688/1‑149 (MQ=17) gCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGc > 2:2561499/1‑149 (MQ=34) gCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGc > 1:4108495/1‑149 (MQ=34) gCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGc > 2:1065981/1‑149 (MQ=34) cTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCAG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTCAACGCCt > 2:3959462/1‑149 (MQ=17) atatGACGCCCCGCTGCGAATCAGGAAAGGGGGGTCGGAGGGGGGTTAAACGCATTATCCGACCT‑CGGTTTTTTTTCGTTTTTTTGGCCTGATACGCCGCACCGCGTCGCTACAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 2:486873/149‑1 (MQ=2) aaGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:3935291/1‑149 (MQ=37) aaGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:4463311/1‑149 (MQ=37) cacaGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTCAACGCCATATCCGACCTa > 1:217015/1‑149 (MQ=17) | GCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGG > CP009273/3385357‑3385653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |