| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,385,516 | A→T | 7.8% | intergenic (‑129/+301) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,385,516 | 0 | A | T | 7.8% | 602.5 / 3.3 | 265 | intergenic (‑129/+301) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (157/65); new base T (2/25); total (159/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGT > CP009273/3385369‑3385664 | ttACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCCCAGCGTCGCATCAg > 1:459105/1‑149 (MQ=255) ccAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGACAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCa < 1:3452830/149‑1 (MQ=255) cAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCaa > 1:3252067/1‑149 (MQ=255) aGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc < 1:4210131/149‑1 (MQ=255) aGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc > 1:1633473/1‑149 (MQ=255) gTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCATCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAACAGGCAACgg > 2:1805695/1‑149 (MQ=255) ttAAGACTCATGTTTTTTGCTACTCGTTTTTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc < 1:3916316/149‑1 (MQ=25) aaGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGAAAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTg > 1:325755/1‑149 (MQ=255) ctctTCGTTTGTGCTACTCGTTAGTTAGTGCTGTTGAGGATTTTTTAGGGCTGCGGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCgg < 2:397054/149‑1 (MQ=21) tCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTAGTGCAGTAGTGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGTTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGGGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGa < 2:3874107/149‑1 (MQ=25) tCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGa > 2:4494398/1‑149 (MQ=255) cATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGAt > 1:1054448/1‑149 (MQ=255) aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATg > 2:4682992/1‑149 (MQ=255) 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tttgttaGTGCTGTTGAGTATTTTTTACGGCTGCCGGTGGCGGCTTCAACGCCCTACCCCGCCTAGGTTTTTGTCCCGGTTT‑GTAGGCCTGAAAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 2:4411162/146‑1 (MQ=17) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTCCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 2:1544974/149‑1 (MQ=255) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 1:2432804/1‑149 (MQ=255) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 1:2598374/1‑149 (MQ=255) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 1:3921364/1‑149 (MQ=255) agttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:2733751/1‑149 (MQ=255) ttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGAGGCGTAAACGCCGAATCCGa > 2:3071566/1‑149 (MQ=255) ctgatgTAGATGATTTTTTACGGATGCGGGATGGGGCGTGAACGCCGTATCAAGCATTCGGTTTTGTTCCGTTTT‑GTAGGCCTGATAATTCGCACAGCTTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt < 2:786149/144‑1 (MQ=17) cTGCAGTAGAGTTTTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCAAATCCCGCCTCCGTTTATGTTCCGGTTG‑GTCGGCCTGATAAGCCGCACCGCTTCGCATCAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt < 2:2215767/149‑1 (MQ=17) gTAGAGTATTTTTGACGGCGGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTACCCCGCCTAGGGTTATGTTCCGTTTT‑TTAGGCCTGATAACACGCACAGCGGCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt < 1:1136293/149‑1 (MQ=17) 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TTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTT‑GTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGT > CP009273/3385369‑3385664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |