| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,403,534 | C→T | 100% | intergenic (+224/‑105) | prmA → / → dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,403,534 | 0 | C | T | 88.1% | 875.1 / 96.9 | 302 | intergenic (+224/‑105) | prmA/dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/18); new base T (167/99); total (185/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
ACGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCA > CP009273/3403388‑3403680 | aCGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATtttt < 2:2245351/149‑1 (MQ=255)aCGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATtttt < 1:2353939/149‑1 (MQ=255)aCGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATtttt < 2:3469839/149‑1 (MQ=255)aCGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCtt 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ttttAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAAt < 1:93725/149‑1 (MQ=255) ttttAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAAt > 1:1974200/1‑149 (MQ=255) ttttAAATGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAAt < 2:1113701/149‑1 (MQ=255) aaaTGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGcc > 2:3206498/1‑149 (MQ=255) aaaTGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGcc > 2:4130803/1‑149 (MQ=255) aaTGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCt > 1:4202455/1‑149 (MQ=255) aaTGCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCt > 2:1404747/1‑149 (MQ=255) aaTGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCt < 2:32602/149‑1 (MQ=255) gCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGAt < 1:1530478/149‑1 (MQ=255) gCAATTTTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGAt > 1:3562358/1‑149 (MQ=255) ttCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCa < 1:3649484/149‑1 (MQ=255) | ACGCAAATTTGCGTGCCAAAATTTTCATTCATAAAGAAAAATTGAGAACTTACTCAAATTTCTTTGAGTGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCATTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAATATCAGCTCAGAAATCGCCTGATCGCA > CP009273/3403388‑3403680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |