Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,411,250 | G→T | 84.2% | E953D (GAG→GAT) | acrF → | multidrug efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,411,250 | 0 | G | T | 84.2% | 756.9 / 158.8 | 345 | E953D (GAG→GAT) | acrF | multidrug efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/28); new base T (149/141); total (176/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
GCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCTG > CP009273/3411103‑3411395 | cGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATaaa > 1:2722538/1‑149 (MQ=255) cGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATaaa > 1:1881281/1‑149 (MQ=255) ttAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAaga > 2:3406655/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |